Na de verovering van 's-Hertogenbosch in 1629 namen de Staten-Generaal de reformatie van die stad en van de Meierij krachtdadig ter hand. Ook op administratief en bestuurlijk niveau werden zo veel mogelijk katholieken vervangen door protestanten. Het bleek bijzonder moeilijk om hervormde vervangers te vinden voor de katholieke drosten, schouten, schepenen en vorsters, en het aantal katholieke gezagsdragers die hervormd werden, kon lang niet in de behoefte voorzien. Er waren bovendien nogal wat heerlijkheden die een katholieke heer hadden, zoals Sint-Michielsgestel. Ondanks deze moeilijkheden moest de politieke reformatie doorgaan, wilde de kerkelijke reformatie een kans van succes hebben. Een andere noodzaak voor het slagen van de kerkelijke reformatie was het plaatsen (de reductie) van de kerk van 's-Hertogenbosch en de weinige gemeenten in de omgeving, als (onderdeel van een) Classis onder een provinciale Synode.

De Bosschenaren zelf wilden hetzij een Brabantse Synode waarin zij dan als (halve) Classis vertegenwoordigd zouden zijn, hetzij als (halve) Classis naar de Gelderse Synode en zij verzetten zich tegen de pogingen van de Zuid-Hollandse Synode om hen bij de Classis van Gorinchem onder de Zuid-Hollandse Synode te trekken. In 1641 gingen de Bossche en Meierijse gemeenten definitief als halve Classis naar de Gelderse Synode.

Zeven jaar later werd deze halve Classis veranderd in een hele. Dit werd mogelijk, doordat sinds de afkondiging van de Vrede van Munster in juni 1648, overal in de Meierij hervormde gemeenten werden opgericht. In deze nieuwe gemeenten had men veel last van de haat en de baldadigheden van de bevolking ten aanzien van de nieuwe religie en haar belijders en van de passiviteit van de plaatselijke overheden ten opzichte daarvan. Een symptoom hiervan was de moordaanslag in 1648 op de eerste predikant te Boxtel, die ternauwernood mislukte. In deze situatie werden ook de gemeenten te Sint-Michielsgestel en Gemonde, Schijndel, Liempde en Den Dungen opgericht, die het, zoals de meeste gemeenten in de Meierij, moeilijk hebben gehad, tot in deze eeuw toe.

Sint-Michielsgestel en Gemonde

De positie van Gemonde was zeer interessant: het was een parochie tussen Sint-Michielsgestel, Schijndel, Sint-Oedenrode en Boxtel en ze viel onder de jurisdicties van de schepenbanken van die plaatsen. In 1648 werd de R.K. godsdienstuitoefening in de Noordelijke Nederlanden verboden en in dat zelfde jaar werd o.a. de hervormde gemeente te Sint-Michielsgestel en Gemonde opgericht. Maar er was al eerder sprake van een predikantsplaats te Sint-Michielsgestel; in 1635 beklaagt Graaf Hendrik van den Bergh, o.a. heer van Oud Herlaer en Sint-Michielsgestel, zich bij de Staten-Generaal over de confiscatie van de tienden en goederen van de pastorie van Sint-Michielsgestel, door de Rentmeester der Geestelijke Goederen te 's-Hertogenbosch. Hij betoogde dat de heerlijkheid en de kerk van Sint-Michielsgestel eigendom waren van de bisschop en de prins van het neutrale Luik waardoor deze confiscatie tegen het vredesverdrag van Münster zou zijn. Bovendien was hem door deze confiscatie het patronaats- en presentatie-recht ontnomen, ondanks de belofte van Stadhouder Willem I, die de heren die deze rechten hadden, ze liet behouden. Dit was bij de graaf in zijn hoedanigheid als vrijheer van de Baronie van Hedel inderdaad gebeurd. In Hedel zat inmiddels een predikant en de graaf bood aan om, in ruil voor de vernietiging van de confiscatie, een predikant voor Sint-Michielsgestel bij de Staten-Generaal te presenteren. De Staten-Generaal namen dit aanbod direct aan. De predikant zou net als de overige predikanten in de Meierij, uit de pastorie-inkomsten een traktement van f 500 per jaar krijgen.

De rentmeester protesteerde tegen de beslissing van de Staten-Generaal. Hij schreef de Hoog Mogende Heren dat de kort tevoren overleden pastoor van Sint-Michielsgestel in een proces voor de Raad van Brabant te Brussel tegen Graaf van den Bergh bereikt had dat de pastorale goederen van Sint-Michielsgestel nagelaten zouden worden aan de pastoor van Venlo, als pastoor van Sint-Michielsgestel, mits hij de dienst aldaar aan een kapelaan zou overlaten. De graaf had dus niets met de pastorale goederen te maken. En nu er een opvolger was voor de onlangs overleden pastoor, betwijfelde de rentmeester of de graaf wel haast zou maken met de presentatie van een predikant, te meer daar de nieuwe kapelaan alle pastorie-inkomsten zou krijgen. Hij stelde daarom voor om, als er een predikant mocht komen, in ieder geval f 500 voor zijn traktement uit de pastoriegoederen te confisceren. De Staten-Generaal besloten hierop de graaf aan te schrijven dat hij haast moet maken met de presentatie van een predikant, waarmee de kous voor dertien jaar af bleek te zijn.

In het najaar van 1648 kwam de eerste predikant te Sint-Michielsgestel: ds. Timotheus Roelandi uit Oudekerk. De gemeente gebruikte alleen de kerk te Sint-Michielsgestel; de kerk te Gemonde zou tot vroeg in de 19e eeuw ongebruikt blijven, hoewel de kerken armmeesters in functie bleven, onder supervisie van predikant, drost en schepenen van Sint-Michielsgestel. De katholieken moesten zich met een huiskapel van huize de Ruwenberg tevreden stellen en later zelfs, toen de Ruwenberg in protestantse handen overging, met een schuurkerk aan de Stokhoek.

Aangezien zij een grote numerieke meerderheid hadden, bracht dit enorme spanningen met zich mee: bij hun pogingen in het begin van de 19e eeuw om de kerk voor zich te behouden, verweerden de hervormden zich tegen het verwijt van de katholieken dat de kerk altijd leeg stond, met het argument dat ze haar vroeger gebruikt hadden maar onderweg er naar toe altijd door de katholieken lastig gevallen werden.

De gemeente heeft het lange tijd zonder kerkeraad moeten doen. Deze werd pas in 1803 geïnstalleerd. Tot die tijd nam het dagelijks bestuur van de Classis 's-Hertogenbosch de kerkeraadstaken waar. Alleen het beroepen van een predikant was wat moeilijk door het collatierecht van de heer van Sint-Michielsgestel. De Classis maakte het beroep kerkelijk, waarna ze dezelfde predikant voor Gemonde beriep. De R.K. kerkmeesters te Sint-Michielsgestel bleven ook nog zeer lang in functie. Zij werden door de schepenen voor twee jaar aangesteld en door de drost beëdigd. Om de twee jaar werden de kerkrekeningen afgehoord door drost, schepenen en predikant.

De band van de Tafel van de H. Geest met de kerk werd in 1648 verbroken; het werd een burgerlijk armbestuur, naast de diaconie. Binnen de Classis lag de gemeente van 1648 tot 1727 in de Ring van Oisterwijk, van 1727 tot 1816 in de Ring van Maasland en vanaf 1816 weer in de Ring van Oisterwijk. Vanaf dat laatste jaar ressorteerde de Classis ook niet meer onder de Gelderse Synode maar onder het nieuw opgerichte Provinciaal Kerkbestuur van Noord-Brabant.

De toch al benauwde situatie voor de gemeente werd er niet beter op bij de scheiding tussen kerk en staat in 1798; aan hun kunstmatig in leven gehouden machtspositie kwam een eind. Er begon terstond een strijd met de katholieken om het bezit der kerken, kerkelijke goederen en fondsen. Deze strijd zou voor de hervormden verloren gaan. Een lichtpuntje was de installering van de kerkeraad in 1803 maar verder was de periode 1798-1815 een dieptepunt in de geschiedenis van de gemeente. Voor de nieuw te bouwen kerk kreeg de gemeente van de staat een financieel ruggesteuntje: het Beneficie Castraal. Dit was een rente van f 425 per jaar, gaande uit de goeden van het in 1737 afgebroken kasteel Oud Herlaar bij Sint-Michielsgestel. Deze rente werd in 1804 voor 25 jaar toegewezen maar deze toewijzing werd daarna nog vele jaren herhaald in verband met de slechte financiële toestand van de gemeente, ondanks een enkele poging van pastoor en kapelaan van Sint-Michielsgestel om met het Beneficie begiftigd te worden.

Na de combinatie met Schijndel bleef de gemeente nog tot 1954 voortbestaan. In dat jaar kwam de combinatie met de gemeente te Boxtel tot stand. De predikantsplaats te Sint-Michielsgestel werd opgeheven en in de plaats daarvan werd er een bijstand in het pastoraat benoemd. De kerkeraad, kerkvoogdij en diaconie bleven gewoon voortbestaan. Om het jeugd- en gemeentewerk te bevorderen heeft men in het begin van de jaren zestig het Hervormd Gemeentecentrum opgericht.

Den Dungen

De hervormde gemeente hier werd eveneens in 1648 opgericht. Het was de eerste gemeente voor de jonge predikant Jacobus de Bitter. Men nam de parochiekerk in gebruik, de katholieken werden naar een schuurkerk in de Koestraat (later Paterstraat) verbannen. Deze hervormde gemeente bestond slechts uit een handjevol mensen en ze had het zo mogelijk nog moeilijker dan haar Gestelse zustergemeente. Van een kerkeraad is hier nooit sprake geweest, de Classis nam het bestuur waar.
Binnen de Classis hoorde de gemeente onder de Ring van Maasland. In 1807 werd de (al jaren vacante) gemeente met die van Sint-Michielsgestel gecombineerd en bij hetzelfde besluit werd de Dungense kerk aan de katholieken teruggegeven. De diaconie bleef bestaan, de kerkelijke administratie werd in 1820 met die van Sint-Michielsgestel samengevoegd.

Schijndel en Liempde

De geschiedenis van deze gemeente loopt voor een groot deel parallel met die van de beide voorgaande; in 1648 opgericht, naastte de gemeente de parochiekerk van de katholieken die een grote numerieke meerderheid hadden.
De combinatie Schijndel-Liempde kwam pas tot stand toen er voor Liempde geen predikant gevonden werd. Ze werd in 1773 verbroken, toen de Liempdenaren voortaan in Boxtel ter kerke gingen.
In 1649 ging de gemeente van de Classis 's-Hertogenbosch over naar de hiervan afgescheiden Classis Peel- en Kempenland. Daar hoorde ze onder de Ring van Peelland. In 1816 werden deze namen veranderd in Classis Eindhoven en Ring van Helmond. Tot 1804 nam de Classis het bestuur van de gemeente waar; in dat jaar werd de eerste kerkeraad geïnstalleerd.

Ook Schijndel kon alleen het hoofd niet boven water houden, hoewel voor deze gemeente de naasting van de kerk door de katholieken voordeliger verliep van door de gemeenten te Sint-Michielsgestel en Den Dungen. In 1823 werd de gemeente met de laatstgenoemden gecombineerd en in de jaren vijftig van deze eeuw kwam een volledige samenvoeging tot stand. Het verschil tussen een combinatie en een samenvoeging is dat bij de eerste de diaconieën, kerkvoogdijen en soms ook kerkeraden zelfstandig naast elkaar blijven bestaan terwijl er bij de tweede één kerkeraad, één diaconie en één kerkvoogdij komt.