Na de verovering van ’s-Hertogenbosch door de troepen van de Republiek der Verenigde Nederlanden, troffen de Staten-Generaal maatregelen tegen de katholieke kerk. Ze confisqueerden de onroerende goederen van de diverse kerkelijke instellingen. De bisschop, Michael Ophovius, moest de stad verlaten en kreeg toestemming roerende goederen mee te nemen. Vier wagens mocht hij vol laden. Daarop gingen de kostbare voorwerpen. Het archief van het Bossche kapittel ging geheel of gedeeltelijk naar het kapittel van Antwerpen. In 1641-1642 liet Ophovius’ opvolger, Joseph Bergaigne (1641-1647), nog archieven (welke precies is niet duidelijk) vanuit 's-Hertogenbosch overbrengen naar Mechelen, waar hij ze in bewaring gaf aan het kapittel van Sint-Rombout. De meeste stukken van het Bossche kapittelarchief werden vanuit Antwerpen bij het Sint-Romboutskapittel gedeponeerd. Toen de kanunnik van het Mechelse kapittel Pieter Govaerts in 1701 benoemd werd tot apostolisch vicaris van het bisdom ’s-Hertogenbosch om de bisschoppelijke taken uit te voeren, nam hij uit deze oude Bossche archieven een deel mee naar zijn woning in Mechelen. Het andere deel bleef bij het kapittel van Mechelen (zie hiervoor BHIC, 2039 Collectie charters van het Groot Seminarie te Haaren, 1238-1801, inv.nrs. 49-73). Naast dit oude Bossche deel had hij onder zijn beheer het archief van het Bossche bisdom na 1629 betreffende het grondgebied dat in Staatse handen was, en van het Bossche deel van na 1629 dat in Spaanse/Oostenrijkse handen was, te weten het dekenaat Geel.

Na Govaerts’ dood in 1726 verhuisden de drie archieven van Govarts naar de pauselijke nuntius in Brussel, onder wie Govaerts rechtstreeks geressorteerd had. In 1734 werden daar inventarissen van deze drie archieven opgesteld en kregen ze via de Propaganda Fide, verantwoordelijk voor katholieke aangelegenheden in missiegebieden, een nieuwe bestemming. Deze inventaris is in afschrift bewaard in de archieven van de Propaganda Fide in Rome. Ze is gepubliceerd door P. Polman, ‘Bossche archivalia in België. Een inventaris uit 1734’, Bossche Bijdragen 24 (1958-1959) 91-110, op p. 96-105. Een afschrift van deze inventaris in het archief van het Bisdom Antwerpen, archivalia van het bisdom ’s-Hertogenbosch (=dekenaat Geel, dat overgegaan is via het aartsbisdom Mechelen naar het bisdom Antwerpen), B2 Acta vicarii apostolici, registers van uitgaande brieven, 1731-1744, op f. 31v-36v toont geen noemenswaardige afwijkingen. Het Bossche deel was verpakt in een houten ronde kist met ijzerbeslag. Daarin lagen archiefstukken opgerold in (eiken)houten kokers, in een juten zak of los als registers of pakken. De inmiddels grotendeels verdwenen zegels hingen er toen nog aan.
Het deel van het dekenaat Geel en het Bossche deel keerden naar Mechelen terug. Daar werd het afgedwaalde Bossche deel blijkbaar niet geïntegreerd in het deel dat in Mechelen bij het kapittel was achtergebleven. Daar bleef het tot 1960 toen via een ruil met het bisdom van 's-Hertogenbosch Govaerts' deel van het oude Bossche kapittelarchief aan het bisdom in eigendom werd overgedragen. Wat aan kapittelarchief in Antwerpen was achtergebleven keerde in 1967 terug naar 's-Hertogenbosch.

Aan deze collectie werden in 1967 enkele stukken toegevoegd uit het kathedraalarchief van Antwerpen, namelijk inv. nr. 161; 12 charters betreffende de scholaster, 1392-1423; 5 charters betreffende beneficies, 1438-1538; inv.nr. 201, bul van paus Clemens, 1523; inv. nr. 13 Stukken betreffende de proces met de stad 's-Hertogenbosch over de betaling door het kapittel van nieuwe belastingen, c. 1555-c. 1565; rekening betreffende de bonefanten, 1622-1623, 15 st. Overige, in 1967 overgedragen stukken zijn toen aan andere collecties of archieven van het bisdom toegevoegd.
In 2012 gaf het bisdom deze collectie in bewaring aan het Brabants Historisch Informatie Centrum. Van het deel dat na Govarts dood achtergebleven was in Mechelen zou ook een inventaris opgemaakt worden. Deze inventaris is tot dusverre niet opgedoken. Mogelijk behoorden de stukken die nu zijn ondergebracht in BHIC, 2039 Collectie charters van het Groot Seminarie te Haaren, inv.nrs. 49-73 hiertoe. Van de stukken van het bisdom na 1629 rest alleen nog de summiere inventaris. Het deel betreffende Geel is bij de vorming van het nieuwe bisdom Antwerpen in 1961 uit Mechelen naar Antwerpen overgebracht.
Via de inventaris uit 1734 weten we bij benadering welke van de daarin genoemde stukken tot op heden bewaard gebleven zijn. De volgende nummers hebben we teruggevonden: 1-3, 7, 20, 24, 27-35, 38 (behalve de volgnummers 2, 7, 8, 11, 15, 16), 39, 40 (behalve volgnummer 5), 41 (behalve volgnummers 2 en 4), 43, 45, 47, 50, 53 (alleen volgnummers 5 en 9). De nummers 13, 25 en 49 waren eerder bij andere archieven of archiefonderdelen gevoegd, maar zijn nu teruggebracht naar de Mechelse aanwinsten. De inventarisnummers vanaf 213 komen uit andere delen van het bisdomsarchief en zijn aan de collectie toegevoegd in 2019.

Een groot deel van het Bossche kapittelarchief is sinds 1734 verdwenen. Dit zijn vooral de registers en de protocollen van het kapittel, waardoor veel waardevolle informatie verloren gegaan is.
De huidige collectie bevat ook enkele stukken die in de oude inventaris niet beschreven zijn. Mogelijk zijn ze er later aan toegevoegd (wellicht vanuit het deel dat altijd bij het kapittel van Sint-Rombout in Mechelen gebleven is), mogelijk zaten ze er wel in maar zijn ze te summier aangeduid om herkend te worden (zoals bijvoorbeeld nr. 54, Fasciculus chartarum inutilium).