De wapenstilstand tussen Spanje en de jonge Republiek der Verenigde Nederlanden (1609-1621) gaf Berne en de Bossche bisschoppen even lucht. De abdij wist in 1613 het achtste patronaatsrecht in handen te krijgen, dat van Lithoijen, aangekocht van de Abdij van Sint-Remigius in Reims. De bisschoppen van ’s-Hertogenbosch konden de ideeën van het Concilie van Trente uitvoeren, die de grondslag vormden voor een grondige hervorming van de kerk, de Contrareformatie. In deze relatief rustige jaren konden ze hun bisdom opnieuw opbouwen en zelfs nieuwe kloosterorden naar de stad halen. Ook de abdij probeerde zich een plaats in de stad te verwerven. Een van de kloostergebouwen die er leeg kwam te staan was het huis van de Fraters, het Gregoriushuis van de broeders van het Gemene leven. De kartuizers van Vught hadden eveneens hun oog op deze gebouwen laten vallen. Na een strijd tussen de bisschop en zijn kapittel kon laatstgenoemde partij het fratershuis in 1623 toewijzen aan de abdij. In 1625 werd de koop bezegeld. De abdij had zich inmiddels tot Brabantse abdij laten omdopen.