Meteen na de Vrede van Munster, op 9 juli 1648, sloegen de Staten van Holland alle bezitting van de abdij aan. De abt kreeg toestemming nog tot 13 februari 1649 in de oude abdij te blijven wonen. Daarna verbleef hij met toestemming van de overheid nog tot 1657 in Heeswijk op het Slotje. Zielzorg was in de Republiek verboden. In Bedaf in het Land van Ravenstein, juist over de grens met de Republiek, was een schuurkerk opgericht voor Heeswijk en Dinther. Veel abdijleden leefden als pastoors in het geheim in hun parochie. Het vrije Bokhoven was bij tijd en wijle een welkome uitkomst
Intussen had de abdij in 1649 een huis in Vilvoorde bij Brussel verworven. Daarheen verhuisden toen enkele abdijleden, de abt in 1657. Toch ontstond daar slechts heel aarzelend een bescheiden vorm van kloosterleven. Meer dan een refugiehuis is het nooit geworden. De abdijleden wilden hun uitkering van de Staten van Holland niet kwijtraken en bleven liever in stilte in hun parochies dan aan een avontuur met ongekende afloop in het zuiden beginnen. De pastoor van Heeswijk bleef op het Slotje wonen. In 1724 verwierf de abt het Slotje voor een erfpacht die in 1785 afgekocht werd. Toen was het Slotje weer bezit van de abdij.

Aan het eind van de achttiende eeuw werd de abdij in Vilvoorde geconfronteerd met de verlichte ideeën van de keizer-koster Jozef II. Hij streefde ernaar het aantal kloosters drastisch te verminderen en op de overblijvende meer greep te krijgen. Berne verzette er zich zo goed en kwaad mogelijk tegen. Norbertijnen- en norbertinessenkloosters in de Oostenrijkse Nederlanden ontkwamen niet aan opheffing. Berne stelde zich toen op het standpunt een Hollandse abdij te zijn.
Nadat de prior en de provisor in 1794 uit Vilvoorde gevlucht waren uit angst voor het Franse regime, keerden ze er het jaar erop nog even terug. De inlijving van de Oostenrijkse Nederlanden in dat jaar was de reden dat Berne in 1796 zijn Vilvoordse onderkomen verliet en zijn blik definitief noordwaarts richtte.