Zuidelijker in het rivierengebied, in Berne (nu Bern geheten), wilden heer Fulco van Berne en zijn vrouw Bescela van Someren een klooster stichten. Bern ligt ten noordoosten van Heusden en toen nog ten zuiden van de Maas. Daartoe had dit echtpaar in 1132 enkele augustijner koorheren van Rolduc uitgenodigd. Dit liep echter op een fiasco uit. Vervolgens richtten ze hun aandacht op het jonge Mariënweerd. Dat kon in 1134 al een abt en enkele kloosterlingen leveren om hun ideeën te verwezenlijken. In dat jaar betrokken enkele kanunniken van Mariënweerd Fulco’s versterkte huis in Bern aan de rand van het bisdom Utrecht. Wereldlijk lag de jonge stichting in het graafschap Holland, hoewel ze zich in de zestiende eeuw ook op Kleefse afstamming beriep.
Binnen de middeleeuwse abdij zwaaide de abt (prelaat), meestal gekozen door en vanuit het convent, de scepter. Onder hem stonden de prior, die samen met de abt de geestelijke leiding had, en de proost, die voor het economische beheer zorg droeg. Onder hun toezicht stonden de kanunniken (koorheren) en de conversen of lekenbroeders, die geen priester waren en vooral huiselijke werkzaamheden verrichtten. Ten slotte waren er donaten en familiares, personen die door een contract aan de orde en de abdij verbonden waren.
1 ’s-Hertogenbosch, verworven van de hertog van Brabant in 1231/1232, beëindigd in 1270;
2 Berlicum, verworven in 1240 van het kapittel van Oudmunster in Utrecht;
3 Heeswijk, verworven in 1284 van Walram en Agnes van Benthem, heer en vrouwe van Heeswijk;
4-7 Engelen, Vlijmen (tot 1481 samen één parochie), Hedikhuizen en Oudheusden, verworven in 1285 in erfpacht van het kapittel van Sint-Jan in Luik;
8 Bokhoven, verworven in 1369 door verheffing van de plaatselijke kapel tot parochiekerk en afscheiding van de parochie Hedikhuizen.
Daarnaast werden er enkele kapellen bediend vanuit de abdij:
1 Middelrode vanaf 1454;
2 Kaathoven vanaf circa 1535;
3 Elshout op de Gaerswey voor 1316;
4 Sint-Agathakapel voor 1477;
5 kapel in Hedikhuizen onder Bokhoven, verheven tot parochie in 1369;
6 castrale kapellen: de binnen- en buitenkapel van het kasteel in Heeswijk, circa 1417
1 in Maarsbergen, ten zuidoosten van Maarn, vermeld als vrijgoed van Berne in 1134;
2 in Woert, bij Altforst in het Land van Maas en Waal, vermeld in het begin van de dertiende eeuw, proosdij genoemd in 1385;
3 Honswijk, een verdwenen dorp bij Oudendijk tussen Sleeuwijk en Woudrichem, waar in 1265 een kapel stond.
Een uithof (curia of curtis) stond onder leiding van een uithofmeester. De abdij had drie uithoven:
1 in Gaal en Mun, tussen Schaijk en Heesch, als uithof genoemd in 1189;
2 Bernhese, in Heeswijk en Dinther, als zodanig genoemd in 1196;
3 Babyloniënbroek, als vrijgoed van de abdij genoemd in het begin de dertiende eeuw.
Korte tijd heeft de abdij ook in Orthen-’s-Hertogenbosch een proosdij gehad, samenhangend met de patronaatsrechten van die parochie (1231/32-1270).
De Sint-Elizabethsvloed van 1421 pleegde een grote aanslag op de inkomsten van de abdij.
Halverwege de vijftiende eeuw raakte de hervormingsbeweging van de kloosters ook de abdij. Er werden serieuze pogingen ondernomen tot een grondige reformatie. De abten van Berne waren tot in de zestiende eeuw vooraanstaande figuren. Dit vond zijn hoogtepunt in het recht dat de abt in 1534 ter gelegenheid van het 400-jarige bestaan wist krijgen tot het voeren van mijter en staf.