Aan het einde der 20e eeuw is het stadsarchief in bewaring gegeven aan het streekarchief Brabant Noordoost te Oss. Jaarlijks werden van daaruit volgens gemeentelijk budget gedeelten gerestaureerd.
In maart 2002 werd het archief ontschimmeld bij de firma Gammaster te Ede. Na de opening van de vestiging Grave met het nieuwe depot in 2007 werd het oude stadsarchief overgebracht naar Grave. Omdat het echter zo deerlijk verbrand was kon het feitelijk niet ter inzage worden gegeven op de studiezaal. Men moest zich behelpen met microfiches. Na opheffing van deze vestiging per 2017 kwam het archief weer terug naar 's-Hertogenbosch. In 2017 is het archief geheel opnieuw zuurvrij verpakt en zo goed mogelijk beschreven waarbij de inventaris en nummering van rijksarchivaris Smit zo veel mogelijk is aangehouden. Een en ander met de bedoeling om dit oude stadsarchief te scannen en deze scans beschikbaar te stellen aan de onderzoeker.