Reeds in 1934 schreef Baars een brochure: "Nederland annexeert zichzelf. Woorden van Bismarck. Muziek voor Mussert." Hierin probeerde Baars het landverraderlijke karakter van de NSB aan te tonen mede aan de hand van foto's van talrijke dokumenten. Ook wendde hij zich in 1935 tot het tweede kamerlid Mr Boon om hem te waarschuwen voor de verraderlijke aktiviteiten van de generaal H.A. Seyffardt. Hoewel een bestrijder van de NSB, wilde men hem vanuit deze kringen graag voor hun wagentje spannen vanwege zijn capaciteiten als spreker. Een reis naar Duitsland werd hem aangeboden om de tegenstellingen te overbruggen. Dit alles echter werd door Baars afgeslagen. * 

Op 30 april 1940 schreef Baars een brief aan zekere Brouwers te Hoensbroek die inspekteur was van de Staatsmijnpolitie. Deze Brouwers werkte mee aan de Inlichtingendienst van de Generale Staf. In dit schrijven vermeldde Baars dat de NSB ervan overtuigd was reeds in juni 1940 de macht in Nederland in handen te zullen hebben. Dit kon volgens Baars alleen gebeuren als de Duitsers ons land zouden binnenvallen omdat de NSB te zwak was om dit zelfstandig te bewerken. De inspekteur bevestigde het schrijven van Baars op 10 mei 1940. In de oorlogsdagen van mei 1940 waarschuwde Baars de centrale politieke recherche in Amsterdam voor diverse mensen en arresteerde persoonlijk een bekend lid van de NSNAP van Ridder Van Rappard. * 

Vanwege zijn Italiaanse relaties uit zijn fascistische periode kreeg Baars door bemiddeling van Romano Guarnieri contact met Luigio Guasco. Deze laatste was sekretaris van de Fascio Ugo Quintavalle te Amsterdam. *  Via Guasco en later R. Ferrato, konsul-generaal voor Italië, verkreeg Baars een visum voor Italië. De Duitsers stelden echter zoveel eisen voor de reis door Duitsland dat Baars het veiliger vond om niet naar Italië te reizen. * 
Wederom dank zij zijn Italiaanse vrienden wist Baars bij de weermacht van de Duitsers binnen te dringen en het vertrouwen van enkelen te winnen zodat hij tijdig van velerlei zaken op de hoogte was. * 

Op 14 februari 1941 tekende ir A. Mussert, Leider van de NSB, te Utrecht een brief waarin hij de leden van de NSB, WA en Nederlandse SS opriep om een bataljon te formeren als een onderdeel van het Duitse leger. *  Jan Baars wist al spoedig de hand te leggen op dit dokument - dat toen nog in NSB-kringen niet bekend was - en gaf het door aan het illegale "Vrij Nederland", die het plaatste in haar nummer van 11 april 1941 onder de kop "Hoogverraad". *  Ook trok Baars ten strijde tegen het gilde van handeldrijvers met de Duitsers. Overvallen op legerleveranciers om hen de goederen tegen de vroegere geldende prijs te ontnemen, kwamen regelmatig voor. Een tactiek die later door de Knokploegen werd overgenomen. * 

Op de duur werd Amsterdam toch te gevaarlijk voor Baars. Als Jan Haye trok hij naar Blaricum. *  Onder deze naam woonde en werkte hij daar. In het Gooi was een zekere Nijland zeer berucht en gehaat geworden door zijn werkzaamheden voor de SD. Nijland hielp de SD door razzia's te houden op onderduikers. * 
In 1942 wist Jan Baars met deze Albert Nijland in contact te komen en zogenaamd met hem bevriend te raken. Zodoende werd Baars dikwijls in vertrouwen genomen door Nijland en kwam hij op de hoogte van op handen zijnde razzia's. In vele gevallen kon hij mensen waarschuwen en hen van een zekere ondergang redden. Hij heeft dit ook geprobeerd bij de bekende schrijver A.M. de Jong. Deze wilde de waarschuwingen niet geloven. A.M. de Jong werd op 18 oktober 1943 in zijn woning doodgeschoten. *  Ook de broer van Baars zat in het verzet. Deze kon altijd een beroep op Jan Baars doen en onderduikers door hem geleverd werden door Jan Baars van een huisvesting voorzien. * 

In het archief bevinden zich verklaringen van mensen die op de hoogte waren van het illegaal werk van Jan Baars alias Jan Haye. *  Deze getuigschriften zijn des te dringender als men zijn illegaal werk in het nest van de vijand verricht en men door de argeloze buitenstaander als een handlanger van de bezetter wordt beschouwd. Een grote fout van onzorgvuldigheid is in deze gemaakt door dr H.L.M. Joosten in zijn dissertatie: "Katholieken en fascisme, 1920 - 1940.", waarin een passage voorkomt alsof Baars in de oorlog "fout" was geweest. *  Na een aantal verklaringen ten gunste van Jan Baars en de dreiging van Baars een strafklacht in te dienen werd de zaak nauwkeuriger onderzocht en bleek de bewering van Joosten ongegrond. *