Ondanks de bewogen geschiedenis van het klooster is het merendeel van het archief ongeschonden tot ons gekomen. In het bijzonder geldt dit voor de oorkonden en akten. Van de correspondentie is aanzienlijk minder bewaard gebleven. Van groot belang is de inventaris opgenomen in het Cartularium, voor een groot gedeelte opgemaakt door prior Rudolphus van den Broek omtrent 1550. Nauwgezet worden hierin alle stukken vermeld, ingedeeld naar plaats of hoeve. De nummers corresponderen met die in dorso van de charters. Aan de hand van deze zestiende-eeuwse inventaris konden vele stukken beter worden geplaatst. Soms gaf de oude omschrijving enkele nadere bijzonderheden, die in een noot bij de regesten vermeld zijn. Het blijkt dat nadien nauwelijks vijf procent van de oorkonden of akten voorgoed verloren is geraakt. De inhoudsopgave van deze verloren gegane bescheiden is medegedeeld in Bijlage I. Het Cartularium zelf leverde een paar honderd afschriften op van akten, waarvan het oorspronkelijk niet meer voorhanden is.

Bezien we verder de geschiedenis van het klooster tijdens de tachtigjarige oorlog, dan mag het een wonder heten dat de charterschat bijna ongeschonden tot ons is gekomen. Bij het wegvoeren van boekwerken naar Leiden in 1579 kan misschien een memoriale of een manuaal zijn meegenomen. Ons is slechts één memoriale bekend, namelijk van 1540-1636, en dan nog met grote leemten. Van de financiële administratie rest ons eveneens zeer weinig van vóór 1600. De omzwervingen en het verlaten van het klooster tussen 1580 en 1609 hadden eigenlijk het archief moeten decimeren. Waarschijnlijker is echter dat bij de brand van Gennep in 1597 alleen toenmaals recente bescheiden van administratieve aard verloren zijn gegaan. Vermoedelijk is dit verlies overdreven, zoals na een brand gebruikelijk is. Na de terugkeer in het klooster tijdens het twaalfjarig bestand zullen de meeste her en der verspreide archiefbescheiden weer bijeen zijn gegaard. De ballingschap van 1637 duurde te kort om kwaad te kunnen uitrichten. Gevaarlijker was de toestand vlak na de afkondiging van de vrede van Munster in 1648, toen schout Rutger de Haen en rentmeester Cornelis Verbolt zeer dreigend optraden. De kloosterlingen slaagden erin het grootste gedeelte van hun meubilair en boekwerken, waaronder tevens het archief begrepen zal zijn, naar Gennep of Oeffelt te brengen.

Dan volgt voor het archief een lang tijdperk van betrekkelijke rust. Op het laatst van de achttiende eeuw had procurator Wilhelmus Wijnantz grote zorg voor de oude bescheiden. Menig stuk of deel draagt nog een aantekening van zijn hand. Pas het decreet van keizer Napoleon van 1812 hield een ernstige bedreiging in. Het kan zijn, dat in de zomer van 1812 mét de boekwerken enkele archiefdelen mee naar 's-Hertogenbosch zijn versleept en nimmer zijn teruggekeerd. Prior Simon Wilhelmus Gielen had eveneens veel aandacht voor het archief. Zijn potloodaantekeningen zijn in vele administratieve delen te vinden. Zelf stelde hij menig rapport of kladje op om jegens de Staat der Nederlanden het recht van het klooster op hun oude goederen te bewijzen. Het is niet aan te nemen dat tijdens zijn prioraat iets verdwenen is. Ook onder magister-generaal, tevens prior, Henricus van den Wijmelenberg was het archiefbeheer goed. Alleen een paar stukken verdwenen abusievelijk naar de abdij van Westmalle. Bij het uitgeven van de Annales maakte C. R. Hermans zeer veel gebruik van het archief van het klooster van St.-Agatha. *  Dit werk beoogde de buitenstaander een bronnenoverzicht te verschaffen van de geschiedenis van de Orde van de Kruisheren. Hermans heeft, in aanmerking nemend de korte spanne tijds en de gebrekkige middelen, een uitstekend werk verricht. Soms is zijn lezing minder juist en menige oorkonde is niet in extenso afgedrukt. Over het geheel genomen is de uitgifte van de Annales van wetenschappelijk gehalte.

Na het verlies in hoofdzaak van het proces met de Staat in 1887 nam de zorg voor het archief aanzienlijk af. Ook de administratie werd veel slechter verzorgd. Het klooster zelf echter mocht zich verheugen in een grote bloei. Nijpend ruimtegebrek en bouwvalligheid waren de oorzaak dat onder het prioraat van magister-generaal Henricus Hollmann het besluit genomen werd tot algehele nieuwbouw, zoals eveneens te Uden had plaats gehad. Omstreeks 1905 werd de fraai zeventiende-eeuwse voorgevel gesloopt en vervangen door een fantasieloze bouw in postkantoorstijl. De rest van de kloostervleugels zou dezelfde weg zijn gegaan als het uitbreken van de Wereldoorlog dit niet belet had. Intussen waren de vele honderden eigendomsbewijs-charters een sta in de weg geworden. Waartoe dienden ze nog, nu het bezit toch in handen van anderen was overgegaan? Bovendien stond menige akte in het Cartularium afgeschreven. Zo kwam het dat in september 1911 te Nijmegen bij de antiquair J. Grandjean een grote partij charters te koop werd aangeboden. Alles werd door het rijk voor het bedrag van f. 250,- aangekocht. Hierbij werd in 1912 nog een partij charters gevoegd betreffende de hof het Dal onder Malden, die reeds eerder in particuliere handen waren overgegaan. Alles werd overgebracht naar het Algemeen Rijksarchief in Den Haag. Weldra werd de heer Bruggeman met de inventarisatie belast, die in 1914 gereed kwam. *  In 1948 volgde een interne inbruikleengeving aan het Rijksarchief te 's-Hertogenbosch.

In het klooster van St.-Agatha bleef het restant van het archief geborgen in de grote ladenkast van de prior. Rond 1920 benutte pater L. Emond, o.s.c., deze bescheiden voor het schrijven van een goed historisch overzicht in het tijdschrift Kruistriomf. *  Naderhand had pater J. de Pater, o.s.c., belangstelling voor het archief. De stukken werden chronologisch in bundels van eenzelfde onderwerp of categorie bijeengebracht. Menig stuk werd door restauratie voor verder verval behoed. De nog aanwezige charters, meest oorkonden van kerkelijke aard, werden voorlopig beschreven. Hierdoor was het archief althans enigszins toegankelijk gemaakt.
In de voorzomer van 1944 ontsnapte het archief nog aan een groot gevaar, toen de kloosterkerk in vlammen opging en het vuur het gehele complex dreigde mee te slepen. Gedurende de oorlogsjaren 1941-1945 werd het archief met een gedeelte van de kostbare bibliotheek in kelders bewaard. De laatste oorlogswinter met zijn evacuatie en inundatie was moeilijk door te komen, daar het klooster precies in een soort niemandsland in de vuurlinie lag. Ook deze periode vol perikelen kwam het archief te boven.

Bij een reorganisatie van de Orde van de Kruisheren in 1957 werd gepoogd een scheiding tot stand te brengen tussen het eigenlijke kloosterarchief en dat van de magister-generaal. In de laatste honderd jaar was het dikwijls voorgekomen dat de prior van het klooster van St.-Agatha en de generaal van de Orde één en dezelfde persoon waren, hetgeen zelfs bij een zeer punctueel persoon in correspondentie en beheer tot verwarring kan leiden. Bovendien hadden de Nederlandse kruisheren in 1855 ten opzichte van de Staat een vorm van een Zedelijk Lichaam aangenomen, méér voor de buitenwereld bedoeld dan voor de kruisheren zelf. Dit alles maakte de splitsing van het ten dele nog niet of slechts in grote lijnen geïnventariseerde nieuwere archief niet gemakkelijker. Het archief van de magister-generaal verhuisde naar het generalaat in Amersfoort. Gebleken is dat menig stuk beter in het archief van het klooster van St.-Agatha kan worden geplaatst. Later kunnen deze bescheiden gemakkelijk worden ingevoegd.
Na de jongste verbouwing van 1962 berust het archief in een degelijke kluis ter zijde van de bibliotheek. Zorg en beheer laten niets te wensen over.