In 1966 werd aan ondergetekende verzocht de in het klooster van St.-Agatha aanwezige archiefbescheiden nader te ordenen en te beschrijven. De archiefcommissie van het Land van Cuijk gaf hiervoor haar toestemming, aangezien dit archief voor de plaatselijke historie mede van grote betekenis was. De grens tussen oud en nieuw archief werd na overleg bepaald op het jaar 1887, toen het jarenlange proces tussen het klooster en de Staat beëindigd werd. Na het ficheren van de stukken deed zich bij het opbouwen van de inventaris een probleem voor. Na vele overwegingen werd de knoop doorgehakt. Er van uitgaande dat een archief een geheel is en dat alles in één inventaris dient te worden beschreven, ook al zijn de stukken over meerdere depots verspreid, werden ook de charters die zich ten Rijksarchieve te 's-Hertogenbosch bevinden opnieuw bewerkt en in de inventaris opgenomen. In de inventaris zijn de nummers, die stukken omschrijven welke te 's-Hertogenbosch berusten en rijkseigendom zijn, cursief gedrukt. Indien van een inventarisnummer een gedeelte kloostereigendom is en een ander stuk of stukken rijkseigendom, is door middel van copieën aanvullend te werk gegaan. Ook de enkele stukken, die zich in de abdij van Westmalle bevinden, zijn aldus bewerkt. Hiervan bevinden zich foto's in het gedeelte van het klooster. Bij dit alles is de inventaris van Bruggeman in eerste instantie vervallen. Een concordans, gebaseerd op de regesten, daar alle stukken bij Bruggemans tevens als regest zijn bewerkt, zorgt voor een overbrugging.

Op zich genomen is de inventaris van Bruggeman een degelijk werkstuk. Bruggeman was een uitstekend archivaris en als oud-katholiek geestelijke zeer goed vertrouwd met stukken van kerkelijke aard. Op echt grote fouten kon hij niet worden betrapt. Enigszins verwonderlijk doet het aan hem als kerkhistoricus te horen spreken van de "abdij" van St.-Agatha. Vanzelfsprekend hadden de kruisheren geen al te beste naam bij de overheid door het op de markt brengen van een groot gedeelte van hun archief. Dit is misschien de reden dat noch Bruggeman noch een ander ambtenaar van de rijksarchiefdienst toentertijd ooit naar het klooster is gekomen om na te gaan wat die blaffaard of dat Cartularium eigenlijk inhield, waarmee de oude nummers in dorso van de charters schenen te corresponderen. Dan had men de zestiende-eeuwse inventaris kunnen benutten. Bij de herinventarisatie, is dankbaar van deze oude inventaris gebruik gemaakt. Wel had Bruggeman als goed vakman reeds rekening gehouden met de dorsale oude nummers. Vele door Bruggeman niet te plaatsen stukken konden mede door de oorkonden in afschrift van het Cartularium weer worden ingevoegd. Soms werden nummers samengevoegd, soms ook werden van een enkel nummer meerdere nummers gemaakt. Weggelaten is nr. 240 van de inventaris van Brugge-man, daar dit een leenregister van de heerlijkheid Oploo betreft. Dit deel is voorlopig ondergebracht bij de aanwinsten van het archief van de Nassause Domeinraad te 's-Hertogenbosch. Bewerker van deze inventaris wist geen raad met twee naderhand bijgevoegde charters betreffende goederen onder Oostelbeers. Het jaar 1367 kan niet als direct eigendomsbewijs gelden, daar het klooster van St.-Agatha toen nog niet bestond. Ook betrekkingen tussen het klooster van St.-Agatha en de Meijerij van 's-Hertogenbosch zijn zeer gering.

Bij het nader indelen van de stukken betreffende goederen is een tussenweg bewandeld. Gewoonlijk worden deze stukken geordend volgens de plaatsnamen in alfabetische volgorde, gegroepeerd per provincie. De zestiende-eeuwse inventaris beschrijft de stukken geografisch met St.-Agatha als uitgangspunt, vervolgens de plaatsen stroomafwaarts en dan de plaatsen stroomopwaarts van de rivier de Maas. Dit laatste systeem is gevolgd, met dien verstande dat de provinciale indeling gehandhaafd is. Aldus begint deze afdeling met goederen in de provincie Noord-Brabant met St.-Agatha als kern, dan uitzwermend naar Haps, vervolgens naar Cuijk enz. tot en met 's-Hertogenbosch, om wederom bij Oeffelt opnieuw zuidwaarts te gaan in het Brabantse en dan in het Limburgse tot Venlo, waar gekeerd wordt – en de rechter Maasoever volgend – Nijmegen wordt bereikt, om bij Herwen te eindigen. Hiermede is een goed geheel verkregen zonder de provinciale indeling geweld aan te doen. Het Zuid-Hollandse Asperen en een paar plaatsen vlak over de grens vallen buiten deze indeling. Vanzelfsprekend is de zestiende-eeuwse inventaris kritisch nagevolgd, daar in onderdelen hiervan nauwelijks enige orde viel te ontdekken.

De hoofdstukken zijn niet tot in details onderverdeeld. Bijeen horende stukken van dezelfde strekking zijn van volgende stukken gescheiden door een lijn. Bij het hoofdstuk financiën zijn eerst in chronologische volgorde de delen en stukken van algemene aard beschreven, vervolgens de meer beknopte staten en dan de afzonderlijke stukken. De schuldbekentenissen en obligaties zijn eveneens chronologisch geplaatst, met dien verstande dat nadere stukken omtrent de afwikkeling van een bepaalde zaak meteen achter de principale stukken volgen. Ook hier is alles door lijnen verduidelijkt. Bij de stukken betreffende de verhouding met de Staat is onder de nrs. 463-469 een rubriek ingelast, die in eerste instantie misplaatst lijkt. In feite is de parochie van St.-Agatha of een kerkbestuur toenmaals nimmer van de grond gekomen, zodat deze stukken geen parochiearchief vormen. Ook bij de nadere onderverdeling van de stukken betreffende het goederenbeheer is volgens dezelfde stelregel te werk gegaan. Eerst komen de algemene delen, vervolgens de specifieke staten, dan de aparte stukken. Eender is gehandeld bij de plaatsen afzonderlijk. Onder het dorp St.-Agatha zijn achtereenvolgens beschreven de algemene stukken, die betreffende tienden, wegen en paden, dijken en oevers, de hoeven in het algemeen, de goederen van Willem van Doemen, goederen van algemene aard en goederen alfabetisch volgens hun oude landnamen. Voor de andere plaatsen is hetzelfde onderscheid gemaakt. De vermelding "Zie ook reg. nr." vlak onder iedere onderafdeling geplaatst verwijst naar stukken, die indien ze in origineel aanwezig waren geweest onder deze bepaalde rubriek hadden moeten worden opgenomen. Volledigheidshalve wordt nu verwezen naar het afschrift in regestvorm of naar Bijlage I als van het stuk alleen de zestiende-eeuwse omschrijving bekend is. Zo wordt er een geheel verkregen van alle bekende stukken van het archief, hetzij in origineel, in afschrift of louter als vermelding.

Inzake de particuliere stukken, waarvan het verband met het archief niet meer kon worden aangetoond, is geografisch dezelfde volgorde gebruikt als in de inventaris zelf. Ook hier brengen lijnen een zekere scheiding aan. Stukken uit andere archieven, die soms bijna van de aanvang af in het archief van het klooster vertoeven, zijn volledigheidshalve opgenomen. Zij maken geen deel uit van de eigenlijke inventaris, zijn niet in de index verwerkt en kunnen gemakkelijk volgens het herkomstbeginsel naar hun eigenlijk archief worden afgevoerd. Een paar stukken, die strikt genomen ambtsmans- of rentmeestersarchief zijn, zijn wel in de inventaris van het archief van het klooster opgenomen, daar ze teveel met aanverwante stukken vervlochten waren. Bedoeld zijn de nrs. 315, 362, 366, 368, 371 en 381. Een rector of een bestuurscollege van de kapel van St.-Agatha heeft vóór de overdracht in 1367 een apart archief van de kapel gevormd.

Bij de omschrijving van de stukken is zoveel mogelijk de aanduiding "ten behoeve van het klooster van St.-Agatha" bij opdrachten, schenkingen of in andere gevallen weggelaten. Stukken die tevens als regest zijn opgenomen zijn vrij beknopt omschreven zonder de kern geweld aan te doen. De periode 1648-1653 is vrij uitvoerig behandeld. Ter verduidelijking is bij sommige stukken de datum toegevoegd. De stukken betreffende het negentiende-eeuwse proces met hun voorlopers zijn daarentegen weer vrij beknopt omschreven. Indien het stuk volledig in de Annales is afgedrukt, is hiernaar verwezen. Bij vermelding in regestvorm in de Annales is volstaan met de verwijzing "Zie Ann.". Betreffende de stukken vóór 1602 is in de inventaris niet naar de Annales verwezen, daar dit in de regestenlijst geschiedt. Het zal de gebruiker van de Annales opvallen dat de visitatierapporten van prior Verheyen en andere desbetreffende stukken niet zijn opgenomen. Zij hebben betrekking op allerlei kloosters van de Maas- en Rijnprovincie, waarvan prior Verheyen en enige van zijn opvolgers als "provinciaal" optraden. Zij vormen een apart archief. In de Annales worden deze visitatierapporten en desbetreffende stukken dikwijls vermeld. De nrs. 80bis en 125bis bevatten bestanddelen, die opgenomen zijn in een band van de bibliotheek van het klooster of niet uit een omslag gelicht konden worden, terwijl ze een apart bestanddeel vormen.

Bij wijze van erratum kan worden opgemerkt dat enkele stukken inzake de datum niet zuiver chronologisch zijn geplaatst. De drukker was reeds te ver met zijn werkzaamheden gevorderd. Strikt genomen had de volgorde aldus moeten zijn: nr. 71=72, 72=73, 73=71, 704=705, 705=704, 706=708, 708=706, 709=710, 710=709, 747=749, 748=747, 749=748, 780=781, 781=780, 788=790, 790=788, 791=792, 792=791, 811=812, 812=811, 928=929 en 929=928.
Op het laatste moment bleek uit een laat-zestiende-eeuwse legger dat nr. 1018 niet onder Zaltbommel thuishoorde, maar onder de hoeve de Heytrack te St.-Agatha. Eveneens bleek bij nr. 616 onder Brakel het dorp Oeffelt te moeten worden verstaan. Nr. 841 is een retroacte van nr. 839, maar vanwege zijn hertogelijke aard apart beschreven.
De stukken betreffende dotaties, die onder het hoofdstuk goederen gebracht zijn, hadden misschien beter onder het hoofdstuk financiën kunnen worden geplaatst.