De abdij van Prémontré was door de Fransen in 1790 opgeheven. De plaatsvervanger van de abt van Prémontré voor de kloosters in de Brabant, de abt van Sint-Michiels in Antwerpen, was voor Berne evenmin aanspreekbaar. Ook zijn klooster was te gronde gegaan. De dood van abt Grevers in 1799 stelde de abdij voor het probleem dat er geen overheid meer bestond om de abtskeuze te regelen. De prior en enkele regenten namen het bestuur in handen.
In 1804 verleende de paus aan de abdijleden het recht zelf weer een nieuwe abt te kiezen. Bij ontstentenis van een vader-abt wees hij bovendien Ciamberlani, de vice-superior van de Hollandse Missie, aan als vice-generaal van Berne. Tot 1886 zou de abdij via deze constructie onder toezicht blijven van de paus. In 1805 koos de abdijgemeenschap weer een nieuwe abt.
De paus en Napoleon hadden in 1801 een vorm van samenleven gevonden die omschreven werd in het Concordaat. Daarin werden de oude bisdommen en abdijen voor opgeheven verklaard. Hoewel deze regeling pas voor het grondgebied van de Bataafse Republiek ging gelden vanaf de inlijving van het Koninkrijk Holland bij het Franse keizerrijk in 1810, zag de apostolisch vicaris van ’s-Hertogenbosch, Van Alphen, al voordien zijn kans schoon op basis hiervan de patronaats- en andere rechten van Berne te betwisten. Dat werd nog erger toen Petrus Beckers in 1805 de nieuwe abt werd, een persoon die met zijn ideeën van herstel van de abdij de volgende decennia lijnrecht tegenover Van Alphen zou staan. Beckers stierf in 1823 als pastoor-abt op zijn pastorie in Hedikhuizen.

De kerkelijke en politieke verhoudingen op dat moment lieten niet toe dat er een nieuwe abt gekozen werd. Beckers werd opgevolgd door prior Beels als regent, terwijl de strijd met Van Alphen doorging. In 1832 werd deze in het voordeel van de abdij beslecht door de Congregatie van de Propaganda Fide. Daarmee was de weg vrij voor een nieuwe abtskeuze. Inmiddels had Koning Willem I in 1825 de abdij als rechtspersoon erkend.
In de loop der jaren was langzaamaan het idee gegroeid van de vorming van een convent in het Slotje, dat bewoond werd door de pastoor van Heeswijk. In 1838 werden er de nodige verbouwingen verricht, hetgeen de aandacht van de politiek trok. Met de apostolisch vicarissen van ’s-Hertogenbosch was inmiddels de goede relatie hersteld. In 1857 kon in het Slotje, annex pastorie van Heeswijk, voorzichtig een begin gemaakt worden met de hervatting van het conventsleven dat bijna drie eeuwen lang stilgelegen had.