De Sicherheitsdienst staat bij de familie Wagenaar voor de deur, Haanplein 18 Den Haag. Zoon Wim wordt meegenomen. De SD meldt zich op 30 juni 1941 opnieuw, nu voor vader Willem, die als gijzelaar naar Schoorl wordt afgevoerd.
Die laatste junidag is de dag dat de bezetter Nederlands politiek bestel liquideert. De politieke partijen worden verboden, ook de Christelijk-Historische Unie (CHU) waarvan Wagenaar senior een prominent lid is. Hij is directeur van De Nederlander, de partijkrant. Daarnaast vertegenwoordigt hij de partij in de Haagse gemeenteraad en in de provinciale staten van Zuid-Holland.

Wagenaar wordt in Geiselhaft genomen en naar Schoorl overgebracht, samen met circa negentig andere politici, vrijwel allen kaderleden van de Anti-Revolutionaire Partij en het Christelijk Nationaal Vakverbond. Beide organisaties, gereformeerd van snit, weigeren de huik naar de nationaalsocialistische wind te laten hangen. In Wagenaars CHU is echter van een verzetsgeest amper sprake. Nadat leider Tilanus in oktober 1940 als ‘Indisch gijzelaar’ naar Buchenwald is getransporteerd, is de partij snel ineengezakt.
Van de groep van negentig gijzelaars die sinds 30 juni 1941 in kamp Schoorl zit, wordt op 20 augustus 1941 meer dan de helft vrijgelaten. Negenendertig gijzelaars, onder wie Wagenaar, gaan naar Buchenwald en worden daar toegevoegd aan het contingent Indische gijzelaars.

Zes weken later worden de Indische gijzelaars naar Nederland overgebracht, naar het nieuwe onderkomen, het grootseminarie in Haaren.

Eind juli 1942 is hij ontslagen uit kamp ‘Beekvliet’ in Sint-Michielsgestel, waarnaar de Indische gijzelaars begin mei zijn verhuisd. [gegevens ontleend aan auteur Peter Bak]