Onder de naam Commissie van Breda moet worden verstaan, zowel de in 1798 ingestelde "Commissie van het Uitvoerend Bewind tot regeling der verschillen en tot liquidatie der Praetensiën door de Fransche Republiek op de Geestelijke, Paltzische en andere goederen binnen dit Gemeenebest gemaakt wordende" als haar opvolgster, de in 1800 ingestelde "Commissie van administratie over alle de goederen en domeinen door de Fransche aan de Bataafsche Republiek bij transactie van den 5en Januarij 1800 afgestaan, residerende te Breda". De "Commissie van het Uitvoerend Bewind etc." werd van meet af aan "Commissie van superintendentie en sequestratie wegens het Bataafsche Gouvernement residerende te Breda" genoemd.
In het vervolg zal de in 1798 ingestelde Commissie aangeduid worden met Commissie van Superintendentie en haar opvolgster met Commissie van Administratie. Wanneer niet speciaal één van beide commissies bedoeld wordt, zal gesproken worden van Commissie van Breda. De naam Commissie van Breda die al tientallen jaren als titel voor het in deze inventaris beschreven archief in gebruik is, is als zodanig gehandhaafd.

Na het vredestractaat van 16 mei 1795, gesloten tussen de Franse en de Bataafse Republiek rezen er tussen beide landen problemen rond het bezit van een aantal, hoofdzakelijk binnen het grondgebied van de huidige provincie Noord-Brabant gelegen goederen. De Franse regering meende op grond van het oorlogsrecht aanspraak te kunnen maken op de binnen de Bataafse Republiek gelegen bezittingen van Duitse vorsten, Maltezer en Duitse Ridderorde, emigranten uit Frankrijk en uit bij Frankrijk ingelijfde departementen en tenslotte op de bezittingen van alle door haar in de geannexeerde departementen opgeheven geestelijke instellingen. De problemen concentreerden zich aanvankelijk rond de bezittingen van de keurvorst van Palts-Beieren, die, ondanks toezeggingen gedaan bij de kapitulatie van Bergen op Zoom, op 31 mei 1795 door de Franse regering in beslag werden genomen. Het beheer over deze goederen werd opgedragen aan een speciaal daartoe aangestelde directeur- en ontvanger generaal der domeinen. De Bataafse Republiek die de keurvorst in zijn verzet tegen deze Franse maatregel steunde, stuurde schriftelijke vertogen naar Parijs. Toen deze vertogen onbeantwoord bleven en toen de Franse regering in haar houding in deze bleef volharden legde de Bataafse Republiek zich bij de Franse verlangens neer. Op 9 juni 1796 werd op grond van de tussen beide republieken bestaande betrekkingen bepaald dat aan de uitoefening "der sequestratie van de Fransche Republiek op de goederen van de Paltz geene hindernisse" *  in de weg gelegd mochten worden.

De Bataafse Republiek liet haar inschikkelijke houding varen toen duidelijk werd dat de Franse verlangens zich niet beperkten tot de bezittingen van de keurvorst van Palts-Beieren. Toen de Franse regering op 1 september 1796 alle geestelijke corporaties in de door haar geannexeerde departementen ophief en beslag legde op al hun, ook op Bataafs grondgebied gelegen, bezittingen greep de Bataafse regering in. Het Intermediair Uitvoerend Bewind verbood op grond van de "onwrikbare stelregel der gezonde staatkunde dat er slegts eene wetgevende macht in één en dezelfde staat zijn kan" *  de uitvoering van de Franse sequestratie en stelde alle goederen in kwestie onder het beheer van de Administratieve Gewestelijke Besturen. Omdat deze beslissing van het Intermediair Uitvoerend Bewind met te weinig kracht werd uitgevoerd en omdat de Administratieve Gewestelijke Besturen hun bemoeiing met de zaak beperkten tot de inning der tienden werd de situatie rond het beheer van de door Frankrijk begeerde goederen buitengewoon verward. Gedeeltelijk werden zij nu beurtelings beheerd door rentmeesters zonder meester (opgeheven geestelijke instellingen), door Franse commissarissen en door Gewestelijke Administratieve Besturen en gedeeltelijk werden zij zonder beheer aan hun lot overgelaten (het was immers zowel aan de Franse- als aan de Bataafse regering niet duidelijk welke bezittingen precies bij de kwestie betrokken waren).

Om nu een einde te maken aan deze in alle opzichten onbevredigende situatie en omdat de onderhandelingen in Parijs over deze kwestie zonder succes bleven stelde de Agent van Financiën van de Bataafse Republiek op 10 september 1798 voor aan het Uitvoerend Bewind over te gaan tot de instelling van een commissie die niet alleen het beheer over bedoelde goederen op zich zou moeten nemen, maar tevens een nauwgezette staat zou moeten formeren van alle goederen die bij de zaak betrokken waren. Alleen dan, zo meende hij, zouden de onderhandelingen met Frankrijk enige kans van slagen kunnen hebben. * 
Deze commissie die van de nodige volmachten voorzien zou moeten zijn zou naar zijn mening moeten resideren te Breda.

In eerste instantie kwam van de kant van het Uitvoerend Bewind geen reactie op dit voorstel. Pas toen de Agent van Financiën op 6 december 1798 nogmaals op een spoedige regeling aandrong en tevens een vijftal personen voordroeg die naar zijn mening geschikt zouden zijn om benoemd te worden tot lid van de door hem gewenste commissie, kwam er schot in de zaak. *  Op 7 december stemde het Uitvoerend Bewind met het voorstel in en vroeg toestemming tot de uitvoering daarvan aan het Vertegenwoordigend Lichaam. *  Reeds de volgende dag stemde de Eerste Kamer van het Vertegenwoordigend Lichaam in met het voorstel, dat zij ter bekrachtiging doorstuurde naar de Tweede Kamer. *  Nadat drie dagen later ook de Tweede Kamer met het voorstel akkoord was gegaan *  ging het Uitvoerend Bewind op 15 december 1798 over tot de oprichting van de "Commissie van het Uitvoerend Bewind tot regeling der verschillen en tot liquidatie der Praetensiën door de Fransche Republiek op de Geestelijke, Paltzische en andere goederen binnen dit Gemeenebest gemaakt wordende". * 

Tot commissieleden werden benoemd: B.C. van der Borch (Breda), J.G.H. Hahn (Den Haag), P. van Reede (Den Haag) en F. van der Wall (Zundert). Van deze vier commissarissen is Hahn nooit als zodanig werkzaam geweest. Aan de Commissie werd in de persoon van C.J.W. Nahuys van Burgst een thesaurier toegevoegd. De instructie die het Uitvoerend Bewind op diezelfde dag voor de commissieleden vaststelde, bepaalde dat zij residentie zouden houden te Breda, dat zij konden overgaan tot het aanstellen van het benodigde bureaupersoneel en dat zij de rentmeesters die tot dan toe de goederen hadden beheerd, die nu onder de administratie van de Commissie kwamen aan zich moesten doen verantwoorden, hun instructies en borgtochten nazien en zonodig vernieuwen en verder in alles op hun gedragingen toezien. *  Conform het voorstel van de Agent van Financiën werd de Commissie belast met een nauwgezette inventarisatie van de stand van zaken en met de administratie over de bij de kwestie betrokken goederen. In verband hiermee werd zij gemachtigd om beslag te leggen op alle archiefstukken die zij voor een goed beheer van de goederen onder haar administratie meende nodig te hebben.

Na een korte tijd van voorbereiding vond op 21 januari 1799 te Breda de constituerende vergadering plaats van de commissie die zoals opgemerkt haar naam had gewijzigd in "Commissie van superintendentie en sequestratie wegens het Betaafsche gouvernement residerende te Breda". * 

Elke week kwamen de leden vier maal in een gewone vergadering bijeen en wel op maandag, dinsdag, donderdag en vrijdag van 10.00 u. tot 13.00 u. *  Daarnaast bestond de mogelijkheid tot het houden van extraordinaire vergaderingen. Beurtelings en telkens voor de periode van één maand was één van de leden president van de Commissie.

Nadat de Commissie van Superintendentie in het leven was geroepen, hetgeen bij de Franse regering begrijpelijkerwijze niet in goede aarde was gevallen, zou het nog ongeveer een jaar duren voordat de Franse en de Bataafse Republiek tot een definitieve regeling van de goederen in kwestie konden komen. Op 5 januari 1800 sloten beide landen een traktaat waarbij Frankrijk afzag van al de op Bataafs grondgebied gelegen goederen tegen een schadeloosstelling van 6.000.000 francs. Op 7 juni van dat jaar werd de Commissie van Superintendentie opgeheven en vervangen door de "Commissie van administratie over alle de goederen en domeinen door de Fransche aan de Bataafsche Republiek bij transactie van den 5den January afgestaan, residerende te Breda". *  In feite betekende deze opheffing en vervanging niet veel meer dan een naamswijziging. Leden en personeel gingen over van de ene op de andere Commissie en het beheer der goederen bleef geregeld zoals tot dan toe gebruikelijk. Ook de archieven van beide Commissies vormen één geheel en lopen vrijwel ongemerkt in elkaar over.

De Commissie van Administratie heeft in de loop van haar bestaan een enkele maal goederen onder haar beheer moeten afstaan. Zo vonden vanaf 1801 regelmatig verkopingen plaats van goederen afkomstig van de keurvorst van Palts Beieren. *  In 1806 en 1807 werd een aantal in Gelderland gelegen bezittingen gebracht onder de administratie van de Gelderse Raad van Financiën (vanaf 14 mei 1807 onder de Landdrost van Gelderland). *  In 1807 werden bezittingen overgeschreven op naam van koning Lodewijk Napoleon (Kroon van Holland) en in 1808 op naam van keizer Napoleon.

Bij traktaat van 16 maart 1810 werden Noord-Brabant en gedeelten van Zeeland en Gelderland aan Frankrijk afgestaan. *  Op 15 mei 1810 werd door de Franse regering bepaald dat de in deze gebieden gelegen domeinen (waaronder die van de Commissie van Administratie) tot 1 januari 1811 beheerd zouden blijven zoals tot dan toe gebruikelijk. Daarna zou het beheer van deze goederen worden overgenomen door de naar Frans voorbeeld ingestelde "Administratie tot het Enregistrement en der Domeinen". Als gevolg van dit besluit werd de Commissie van Administratie op 31 december 1810 opgeheden. *  Haar rentmeesters werden gelast om op die dag hun registers te sluiten en op 1 januari 1811 alle archivalia etc. over te dragen aan hun opvolgers, de Ontvangers der Enregistratie en der Domeinen. * 
In de loop van 1811 zijn de commissieleden o.a. voor het afhoren van rekeningen nog een enkele maal bijeengekomen. *