Tijdens de inventarisatie is een aantal problemen duidelijk naar voren gekomen, waarvan de belangrijkste is dat het huisarchief zeer incompleet is. Dit is af te leiden uit het (nagenoeg geheel) afwezig zijn van stukken uit de periode van 1409-1667, rond 1750 (Casimir von Schlippenbach) en uit de periode 1856 tot nu. Opvallend is dat vanaf 1719 (Marc Willem du Tour) tot 1866 het archief een completere indruk maakt. Toch rijst hier ook het vermoeden dat er stukken verdwenen zijn, omdat er in de eerste plaats toch nog een behoorlijk aantal stukken niet te plaatsen is, en omdat er op veel stukken, ten minste tot in de 19e eeuw, een dorsale aanduiding staat die doet vermoeden dat er veel series zijn geweest, tot en met een serie "H" toe, Overigens, bij veel van de stukken die niet te plaatsen waren, bestaat de mogelijkheid dat ze retroakten zijn geweest bij verdwenen stukken, of dat ze betrekking hebben gehad op pachters van stukken land van Haanwijk. Het is niet uit te sluiten dat van bovengenoemde personen bewust stukken uit het huisarchief zijn weggehaald, hetzij omdat stukken land werden verkocht, hetzij om een andere reden.
Een laatste probleem dient nog aangestipt te worden: dat van de chronologie van de akten van overdracht van de schepenen van 's-Hertogenbosch en van de schepenen van St.-Michielsgestel. De schepenen van 's-Hertogenbosch hielden tot en met december 1575 de zgn. Paasstijl aan, * wat inhield dat het jaar bij hen wisselde tijdens Pasen in plaats van op 1 januari. Van de schepenen van St.-Michielsgestel is niet bekend of ze de Paasstijl volgden. In ieder geval blijkt uit inv. nr. 9 dat er in dat jaar geen Paasstijl door hen wordt gevolgd. Deze akte is namelijk gedateerd op 18 april 1565, terwijl Pasen in dat jaar op 22 april viel, en in 1566 op 14 april. Als nu de Paasstijl is gevolgd, kan deze datum niet bestaan. Bij de regesten staat aangegeven of de datum van het stuk overeenstemt met de huidige datering.
Rijksarchief in Noord-Brabant, 1993