De vormingsgeschiedenis van de collectie is onduidelijk. De collectie lijkt gevormd toen de Franse bezetter in 1797 de universiteit van Leuven sloot. Enkele professoren, onder wie Anthonius van Gils, hoogleraar in de theologie, namen toen de wijk naar het noorden, mogelijk met meenemen van delen van het universiteitsarchief en een grote collectie oude boeken, handschriften en archieven, veelal afkomstig uit opgeheven religieuze instellingen in Nederland. Die stukken werden vanaf 1798 bewaard in de het Groot Seminarie te ’s-Hertogenbosch, dat een jaar later verplaatst werd naar kasteel Herlaer in Sint-Michielsgestel en dat vanaf 1839 in Haaren gevestigd was.
De stukken afkomstig van kasteel Croy zijn pas in de tweede helft van de negentiende eeuw aan de collectie toegevoegd. Wat ondergebracht is inzake het beleg van 's-Hertogenbosch in 1629 bevond zich in 1818-1819 nog bij het kathedraal kapittel van Mechelen, gezien de afschriften die daarvan toen gemaakt zijn door P.J. van Helmont, secretaris van het kapittel (map Buscoducensia). Ook de rest van het oude bisschoppelijke archief berustte daar toen nog.
De stukken van de universiteit van Leuven zijn via ruil teruggegeven aan de universiteit. Boeken en handschriften zijn verkocht aan de Theologische Faculteit in Tilburg. De oude archieven zijn verdeeld in een collectie charters en een collectie overige archiefstukken. Bij de sluiting van het Groot-Seminarie in 1967 zijn deze archiefstukken, samen met het archief van Groot Seminarie zelf, overgedragen aan het archief van het bisdom 's-Hertogenbosch. In 2012 heeft het bisdom de collectie charters in bewaring gegeven aan het BHIC. Een deel van de papieren, hoofdzakelijk uit de tijd van de eerste bisschoppen, volgde in 2018.