Hoe het archiefbeheer bij de Raad was vóór 1669 is niet bekend. De eerste bewaard gebleven resolutie hierover verscheen in 1669. Het beheer over het archief werd toen opgedragen aan de griffier en speciaal aan de eerste griffieklerk, die als klerk van de furneerkamer (archiefbewaarplaats) verantwoordelijk werd gesteld voor het goed bewaren van alle stukken, echter onder supervisie van de griffier. *  Vooral de geheimhouding en de zorg voor het archief stonden hierbij voorop. De geheimhouding was bindend voorgeschreven in de instructie van de Raad. *  Daarom ook werd, zodra een van de raadsheren, de griffier, de advocaat-fiscaal of de procureur-generaal overleed, onmiddelijk iemand (meestal de griffier of een der kamerbewaarders) naar het sterfhuis gestuurd om alle daar berustende stukken af te halen en naar de furneerkamer over te brengen. *  In 1702 werd besloten een register aan te leggen, waarin elke raadsheer moest aantekenen, welke stukken hij mee naar huis nam. * 

Vooral in de 18e eeuw blijken de griffiers c.q. klerken van de furneerkamer, geen beste archiefbeheerders te zijn geweest. Immers, op 12 mei 1721 gaf de Eerste Presiderende, mr. Willem van Perzijn, aan het college te kennen, dat door de grote wanorde waarin de furneerkamer was geraakt, het vaak niet mogelijk was om te weten te komen wat er in vroegere tijden was voorgevallen of welke rechten de Raad had. Om orde op zaken te stellen benoemde hij een maandelijks wisselende commissie van twee raadsheren, die elk gedurende twee maanden samen met de griffier de furneerkamer op orde moest brengen. *  Elf maanden later werd het beter geacht één raadsheer hiermee te belasten i.p.v. een maandelijks wisselend tweetal. * 

Ook in 1771 bij de dood van griffier Johan de Kempenaar bleek de griffie - en daarbij ook de furneerkamer - in een grote wanorde te zijn geraakt ten gevolge van diens langdurige ziekte. De raad besloot toen de nieuwe griffier met de herordening te belasten en twee raadsheren te benoemen tot supervisors. * 
In 1784 tenslotte werden opnieuw twee raadsheren aangewezen om orde te brengen in de chaos. In dit geval naar aanleiding van een geschil tussen de Staten-Generaal en de Duitse Keizer over o.a. goederen van de abdij van Postel. * 

Uit hun rapport d.d. 14 september van dat jaar bleek, dat de furneerkamer alles behalve een geordend archief bevatte, maar slechts stapels papier "sonder ordre. Sommigen in pacquetten bij een gebonden, anderen op de zolders en vlieringen door elkanderen leggende en een aanmerkelijk gedeelte door ouderdom en vogt bijna vergaan en onleesbaar geworden." * 
Het ordenen van de stukken schijnt in november 1785 gereed gekomen te zijn, aangezien dan op voorstel van de beide raadsheren, die daarmee belast waren, aan de deurwaarder Mulié en de boutefeu of schoonmaker Rholer een extra toelage van 25 gulden per man voor een keer werd vergund wegens hun hulp bij de ordening. * 

Bij de opheffing van de Raad in 1795 moest het archief overgedragen worden aan het Hof van Justitie te 's-Hertogenbosch. Maar het duurde nog tot 1797 voor het archief, verpakt in 8 grote en 4 kleine kisten en 31 zakken met processtukken, vanuit 's-Gravenhage naar 's-Hertogenbosch werd overgebracht.
Vijf jaar later, in 1802, toen het Hof moest plaats maken voor het Departementaal gerechtshof, werd het archief naar Breda vervoerd, en daar in 1812 gedeponeerd ter griffie van de arrondissementsrechtbank. De bibliotheek van de Raad berust daar nog.

Op 28 oktober 1882 droeg Mr. André Reigersman, griffier bij de arrondissementsrechtbank te Breda, ter voldoening aan het K.B. van 8 maart 1879 (Staatsblad nr. 40), gewijzigd bij K.B. van 31 augustus 1880 (Staatsblad nr. 168), de archieven van de Raad en zijn opvolgers over aan het rijksarchief in Noord-Brabant. Het omvatte toen 1063 delen, 396 omslagen, 249 dozen, 33 stukken en 3 charters. * 

In 1883 werden nog enige dozen overgebracht uit het rijksarchief in Gelderland. *  De toenmalige rijksarchivaris in Noord-Brabant, Mr. C.C.N. Krom, heeft in de loop van het jaar 1884 getracht enige orde in de chaos te scheppen.
Mr. Krom: "Ik heb mij toen genoodzaakt gezien, orde te brengen in die verzamelingen, die uit een duizendtal registers en verscheidene wagenvrachten losse stukken bestaan. Men stelle zich voor duizenden bundels processtukken, die zoveel mogelijk losgemaakt en dooreengeroerd zijn, vermengd met duizenden bij den Raad en bij het officie-fiskaal ingekomen stukken, houdende rekeningen van de administratie van boedels, de kwitantiën en andere stukken bij die rekeningen behoorende overal verspreid, honderden declaratiën van kosten enz. enz., alles een groot haveloos mengelmoes. Maanden ben ik aan het uitzoeken geweest en eerst thans heb ik de gelijksoortige stukken bijeen en van de andere afgescheiden; alle registers en portefeuilles hebben hun voorlopig nommer en van alles is een lijst opgemaakt." * 
Na het overlijden van Krom op 28 november 1885 werd diens werk voortgezet door zijn ambtsopvolger Mr. A. C. Bondam. Deze verwijderde uit de archieven van de Raad en zijn opvolgers bijna alle gedrukte pamfletten, plakkaten en publikaties, en bracht ze onder in twee aparte verzamelingen. In 1886 kwam een voorlopige inventaris gereed. De losse civiele processtukken waren toen door Bondam min of meer alfabetisch gerangschikt op naam van de eisende partij. *  In 1916 kwam Dr. H.P. Coster gereed met een herziene inventaris, die echter nog steeds een voorlopig karakter droeg. * 

H.B.M. Jacobs, W.M. Lindemann en Th.F. van Litsenburg, 1981