Het Bossche kapittel is relatief laat in het leven geroepen. Binnen de Meierij, waarvan ’s-Hertogenbosch de hoofdstad was, bestonden al geruime tijd kapittels in Sint-Oedenrode, Hilvarenbeek en Oirschot. In de drie Brabantse hoofdsteden Leuven, Brussel en Antwerpen waren ook al eerder kapittels gesticht en een kleinere Brabantse stad als Breda kon al vanaf 1303 bogen op een dergelijke instelling. Pas ruim een halve eeuw later was ook in ’s-Hertogenbosch de geest rijp voor een kapittel. Het werd gevestigd in de Sint-Janskerk.
In 1366 beschikte de bisschop van Luik positief op het verzoek van Adam die Lu, pastoor van de geünieerde parochies Orthen en ’s-Hertogenbosch, en dertig kapelanen in de Sint-Jan om een kapittel te stichten en de kerk te verheffen tot een collegiale kerk. De pastoor werd tot aan zijn aftreden of overlijden deken en de kapelanen werden kanunnik. De inkomsten uit hun kapelanie vormden aanvankelijk hun prebende. Na hun dood werden deze inkomsten in een gemeenschappelijke kas gestort, zodat de inkomsten op den duur gelijk verdeeld werden. Daarnaast waren er dagelijkse uitkeringen voor degenen die de koordienst bijwoonden.De pastoor droeg nieuwe kanunniken voor. De kanunniken mochten eigen functionarissen aanstellen en na de eerste deken-pastoor een nieuwe deken kiezen. Het pastoraat van Orthen-’s-Hertogenbosch met de erbij horende zielzorg stond na Adam die Lu volledig los van het kapittel. Er was voor de kanunniken geen residentieplicht. Choralen en scholieren van de kapittelschool ondersteunden de gezangen.
Kanunnik Henrick Buck had in zijn testament in 1401 zijn huis in de Hinthamerstraat in ’s-Hertogenbosch nagelaten ten behoeve van een kosthuis voor tien scholieren. Ze werden de arme scholieren of bonefanten genoemd en stonden onder leiding van een rector. Toezichthouders waren de prior van het wilhelmietenklooster Porta Coeli, de provisor van de Tafel van de Heilige Geest en de scriptor van het kapittel.
Later werden andere naburige parochies aan het kapittel toegevoegd: in 1419-1422 Nuland en Geffen en in 1440-1441 Dinther en Heesch. Een langlopend conflict over tienden tussen de parochie Rosmalen en het kapittel eindigde met de incorporatie van de Rosmalense kerk in 1451. Als sluitstuk van deze incorporaties volgden in 1517 de parochie van het Groot Begijnhof in 's-Hertogenbosch en in 1561 Princenhage. Bij de uitbreidingen in de eerste helft van de vijftiende eeuw moet ook de instelling van de cantorij door Albertus Buck in 1425 genoemd worden.
Het begin van de zestiende eeuw werd overschaduwd door problemen met het stadsbestuur. De stad vroeg een bijdrage in de drukkende stedelijke lasten en het kapittel bleef zich op zijn oude rechten van belastingvrijdom beroepen. Dit leidde tot lange rechtszaken en kerkelijke straffen. Intussen probeerde het kapittel zich te wapenen door in de periode 1505-1512 een alliantie met andere kapittels in Brabant te sluiten en wederzijdse bijstand en bescherming van hogerhand te verkrijgen. De beneficiaten (ook wel capelani of altaristae geheten), de geestelijken die een beneficie aan een altaar in de Sint-Jan bezetten, hadden zich tot een eigen gremium verenigd met een eigen kas en beheerder onder leiding van zes sextarii uit hun midden.
De val van de stad in 1629 luidde het eind van het kapittel in. De goederen werden geconfisqueerd door de nieuwe machthebbers. De kanunniken en beneficiaten kregen hieruit een lijfrente. Een aantal van hen bleef in de stad. De bisschop had met een aantal volgelingen de stad verlaten. In 1650 leefden er nog acht kanunniken van wie vier in de stad. Vier beneficiaten woonden toen in de stad, hoeveel erbuiten was onbekend. Het kapittel stierf een langzame dood.