Bisschop Ophovius regeerde na de val van ’s-Hertogenbosch in 1629 vanuit zijn nieuwe residentie in Geldrop. Daar zal hij het archief dan ook bewaard hebben. In maart 1630 nam hij er zijn intrek. Met enkele onderbrekingen verbleef hij er tot eind 1636, toen de Staten-Generaal bij plakkaat van 2 december bepaalden dat alle katholieke geestelijken de Meierij moesten verlaten. De jongste stukken in het archief dateren dan ook uit die tijd. Overbrenging van het archief naar Antwerpen vond plaats nadat de bisschop de Meierij had moeten verlaten ten gevolge van genoemd plakkaat en in 1637 in Lier gestorven was. Het kwam bij de predikheren van Antwerpen terecht (Ophovius was predikheer) die in 1638 toestemming kregen het over te dragen aan de aartsbisschop van Mechelen ten behoeve van de nieuwe bisschop.
Toen vicaris-generaal Van der Asdonck in 1731 zijn werkzaamheden opnam in het verkleinde bisdom, dat nog uitsluitend binnen Staat-Brabant lag, zal hij een nieuwe archief opgezet hebben. Van zijn archief en dat van zijn opvolgers tot 1800 is weinig bewaard gebleven.
In het 'Archiefregister Bisdom 's Bosch', samengesteld circa 1953, worden de volgende parochiedossiers vermeld die bij deze inventarisatie niet aangetroffen zijn: Arendonk (Geel, Mol), Dommelen, Eethen, Geel, Geertruidenberg, Gemonde, Liempde, Luijksgestel, Meeuwen, Millegem, Mol, Opandel, Orthen, Volkel, de Werken, Werkendam, Wijk, Zeeland en Zevenbergen.