In de twintiger jaren v.d. 16e eeuw dreef het Lutheranisme een wig in de Orde. Door de geestelijke tweespalt in haar gelederen en niet meer beantwoordend aan het ideaal van de tijd, boette deze geestelijke ridderorde in de wereld aan functie en betekenis in, maar kon zij door het accent te verleggen naar de parochiële zorg en door een rijk goederenbezit zich op veel plaatsen handhaven. Van een inwendige verdeeldheid onder invloed van het Lutheranisme is in Gemert weinig te bemerken. Ten aanzien van het opkomende Protestantisme eerder wellicht het tegendeel: Gemert werd door de landkommandeur Hendrik van Ruischenberg, een overigens groot en initiatiefrijk leider die een nadere studie zou verdienen, uitverkoren als plaats van vestiging voor een Latijnse school. In 1591, na verkregen octrooi en toestemming van koning Philips II (1587-'88), werden door hem voor de betaling van een rector en een twaalftal beurzen een weekmarkt te Gemert gesticht en inkomsten uit goederen en ook uit de rechten van de kommanderij Gemert aangewezen. *  Generaties lang hebben daardoor studenten mede kunnen profiteren van de rijkdom van de Duitse Orde te Gemert. Op 22 mei 1237 had de Duitse Orde het pauselijk privilege verkregen om eigen priesters voor te dragen voor de kerken, waarvan zij de patronaatsrechten bezat. Te Gemert en in de Meierij van 's-Hertogenbosch bezat de Duitse Orde de patronaatsrechten van de parochiekerken te Gemert, Haren, Nistelrode en Geldrop en daarnaast van enkele kapellen, o.m. te Handel en Bruheze. In deze plaatsen kon de Orde zich toeleggen op de parochiële zielszorg; mede door stichting van de Latijnse school te Gemert streefde zij met kracht naar handhaving van het Rooms-Katholicisme.

Eén van de belangrijkste episodes uit de geschiedenis van Gemert is ongetwijfeld de periode van de Staatse overheersing en het daarmee samenhangende proces tussen de Duitse Orde en de Staten-Generaal over de soevereiniteit van Gemert. Met de verovering van 's-Hertogenbosch raakte de gehele Meierij van 's-Hertogenbosch in handen van de Republiek der Verenigde Nederlanden, een situatie die in 1648 bij de vrede van Munster bekrachtigd werd. Daarbij werd de plaats van allerlei soevereine gebieden, grenzend aan Staats-Brabant, en in de Landen van Overmaze niet exact vastgesteld, maar bij artikel 21 van het vredestraktaat werd overeengekomen dat een op te richten Chambre Mi-Partie deze zaken verder zou afwikkelen. *  Toen zich begin 1648 de gelegenheid voordeed - de vrede van Munster werd op 30 januari 1648 getekend *  - om de soevereine heerlijkheid Gemert te bezetten, hebben de Staten-Generaal niet geaarzeld.

De aanleiding tot de inlijving van de heerlijkheid Gemert deed zich voor, toen de kommandeur van Gemert, Caspar Ulrich van Hoensbroek, na een conflict met de landkommandeur van Oudenbiezen uit zijn ambt werd ontzet en zich naar 's-Gravenhage begaf om aan de Staten-Generaal hulp te vragen. Tussen Van Hoensbroek en de landkommandeur Godfried Huijn van Amstenraede, graaf van Geleen, was het een conflict van persoonlijke aard: niet hij, Van Hoensbroek, maar Godfried Huijn van Amstenraede was benoemd tot landkommandeur van Oudenbiezen. Nog voordat Van Hoensbroek een beroep deed op de Staten-Generaal, had hij zich gewend tot de Grootmeester van de Duitse Orde, die op dat moment in Brussel verbleef. Hij had daar echter geen gehoor gevonden.

Op 2 februari 1648 trokken 500 Staatse ruiters Gemert binnen. Bij dit leger bevonden zich Caspar Ulrich van Hoensbroek en mr. Cornelis van Cuijck, adv.-fiscaal bij de te's-Gravenhage zetelende Raad van Brabant. Van dit feit stelde de schout van Gemert de landkommandeur van Ouden-biezen in kennis. Te Gemert volgden diverse maatregelen, die het Staatse leger in de regel toepaste in veroverde gebieden, n.l. verbod van de rooms-katholieke eredienst, verbanning van priesters en kloosterlingen en sluiting van kerken. Dit stuitte op heftig verzet van de bevolking. *  Tevens werden ook alle archiefstukken, die zich op het kasteel te Gemert bevonden, in beslag genomen. De advocaat-fiscaal Van Cuijck kreeg de opdracht de archivalia te onderzoeken. *  Intussen had de advocaat van Leopold-Willem, Grootmeester van de Duitse Orde, zich de zaak Gemert aangetrokken en zich tot de Staten-Generaal gewend. Deze wensten het rapport van de advocaat-fiscaal Van Cuijck af te wachten alvorens een nader standpunt in te nemen. De Staten erkenden wel de heerlijke rechten van de Duitse Orde te Gemert - zij erkenden immers Van Hoensbroek als kommandeur - maar niet haar soevereiniteit. Op 2 september 1648 protesteerde aartshertog Leopold-Willem tegen de gang van zaken te Gemert. *  Intussen liepen de pogingen om Gemert voor het Protestantisme te winnen op niets uit.

Interessant is nu te zien, hoe de zaak juridisch werd uitgevochten. Na het rapport van advocaat-fiscaal Van Cuijck verzochten de Staten de Raad van Brabant te 's-Gravenhage en de Hoge Raad van Holland en Zeeland om advies. *  De Raad van Brabant deed een vage uitspraak op 13 april 1649. Op 10 februari 1650 kwam de uitspraak van de Hoge Raad van Holland en Zeeland met de volgende argumenten:

1. Gemert is ingesloten door Brabants gebied. Daarom is het aannemelijk dat Gemert deel uitmaakt van het oorspronkelijke hertogdom Brabant, in het bijzonder van de Meierij van 's-Hertogenbosch.
2. De Paus heeft het hertogdom Brabant in bisdommen verdeeld. Gemert ressorteert onder het bisdom 's-Hertogenbosch; het valt onder het dekenaat Helmond.
3. Men kan niet bewijzen dat Gemert, afgescheiden van de Meierij van 's-Hertogenbosch, aan de Duitse Orde toebehoort.
4. De oorkonde van 25 maart 1271 van hertog Jan I van Brabant maakt slechts melding van de hoge en lage jurisdictie over Gemert en van de oppervoogdij van de hertog van Brabant over deze heerlijkheid. De soevereiniteit over Gemert wordt dus geacht aan de hertog van Brabant te behoren.
5. Gemert is dikwijls 'uyt sonderlinge gratie' van contributie vrijgesproken, maar niet uit enig recht.
6. De hertogen van Brabant hebben zich vaak als soeverein van Gemert gedragen.
7. De maten van Gemert worden te Helmond geijkt. Gemert heeft de Brabantse munt. Van vonnissen van de schepenbank van Gemert kan men in beroep gaan bij de schepenbank van 's-Hertogenbosch; vandaar was hoger beroep mogelijk bij de Raad van Brabant te Brussel, wier functie thans is overgenomen door de Raad van Brabant te 's-Gravenhage. Bovendien viel Gemert onder het Bossche recht van ingebod.
8. De jaarmarkten van Gemert heeft de landkommandeur van Oudenbiezen daar kunnen instellen met de voorkennis van de hertog van Brabant. De contributies aan het Duitse Rijk zijn steeds vrijwillig door de genoemde landkommandeur betaald.

Tenslotte gaf de Hoge Raad van Holland en Zeeland nog te kennen het niet juist en rechtvaardig te vinden, dat vertegenwoordigers van de Duitse Orde geen toegang hadden tot de door de advocaat-fiscaal Van Cuijck meegenomen archivalia. Zij verzocht dit onrecht te herstellen.

Het vonnis van de Hoge Raad was dus in het voordeel van de Staten-Generaal. Tien dagen later, op 20 februari 1650, kwam de Grote Raad van Mechelen, die was ingeschakeld op verzoek van de Duitse Orde, met een uitspraak ten profijte van de Orde. Naar de mening van de Grote Raad was hetgeen dat door de Hoge Raad als eerste was aangevoerd onjuist. In het oosten grenst Gemert aan het Land van Kessel, in het noorden aan het Land van Ravenstein. Verder was zij van oordeel, dat de kerkelijke indeling op zich niets zegt over de staatkundige indeling. Ten aanzien van het derde punt, aldus de Grote Raad, kan men stellen dat een ieder, die onbevooroordeeld is, uit een aantal charters kan opmaken dat Gemert onafhankelijk is. Daarom is de conclusie, die de Hoge Raad uit de oorkonde van 25 maart 1271 trekt, onjuist. Uit diverse charters valt verder op te maken, dat hetgeen onder de punten 5 en 6 is aangevoerd bezijden de waarheid is. Uit het onder 7 gegeven argument kan men niet afleiden, dat Gemert aan de hertog van Brabant onderhorig was. Wel blijkt hieruit, dat de hertogen van Brabant de oppervoogdij over Gemert hebben gehad. Deze stelling werd door de Grote Raad met voorbeelden gestaafd. Tenslotte wees de Grote Raad af wat over de instelling van jaarmarkten naar voren was gebracht door de Grote Raad.

Het is hier niet de plaats om in te gaan op alle aangevoerde argumenten in beide vonnissen. In het eerder genoemde artikel hebben wij er op gewezen, dat de oorsprong van de soevereiniteit van Gemert gelegen was in de allodiale heerlijkheid. De oorkonde van 25 maart 1271 van hertog Jan I van Brabant is niet meer dan de erkenning van dit statuut. Ook latere stukken bevestigen, dat de hertogen van Brabant de neutraliteit en soevereiniteit van Gemert hebben gerespecteerd. *  Ook de stadhouder van Gelre deed dat in 1479; *  anderzijds werden de heer van Helmond en de stad Helmond in 1425 door een rechterlijke uitspraak ertoe gedwongen om van aanspraken op de heerlijkheid Gemert af te zien. *  De ontvreemding van archiefstukken door de advocaat-fiscaal Van Cuijck zal dan ook een pijnlijk gemis zijn geweest voor de advocaten van de Duitse Orde. Opmerkelijk is ook, dat in de uitspraken geen onderscheid werd gemaakt tussen soevereiniteit en suzereiniteit, d.w.z. de protectie die de vrije heerlijkheid Gemert genoot van de zijde van de Brabantse hertogen, zonder dat er duidelijk inbreuk werd gemaakt op de oorspronkelijke rechten van de heren van Gemert. Economische, financiële en juridische betrekkingen tussen buurlanden, want dat waren per saldo de heerlijkheid Gemert en het hertogdom Brabant, behoefden op zich nog geen territoriale ondergeschiktheid in te houden.

Door deze tegengestelde vonnissen was de kwestie allerminst opgelost. Daarnaast bemoeide ook de Spaanse koning zich met het conflict. Hij wenste de oppervoogdij over Gemert, als opvolger van de Brabantse hertogen, erkend te zien. *  De Grootmeester van de Duitse Orde richtte zich op 14 juni 1650 tot de vergadering van keurvorsten van het Duitse Rijk. *  De vergadering van keurvorsten eiste van de Staten-Generaal herstel van de oude toestand te Gemert. *  Ook de Duitse keizer had een speciale gemachtigde voor de kwestie Gemert benoemd, *  die eveneens aandrong op een rechtvaardige verklaring over Gemert. *  Toen het conflict dreigde te escaleren, beslisten de Staten-Generaal op 29 juli 1651 een college van 9 raadsheren, paritair samengesteld uit de Hoge Raad van Holland en Zeeland, het Hof van Holland en de Raad van Brabant te Den Haag, een onderzoek naar de soevereine rechten van de Duitse Orde te Gemert te laten verrichten.

In 1655 kwam eindelijk een overeenkomst tussen de partijen tot stand. Overeengekomen werd de kwestie voor te eggen aan arbiters, die door beide partijen zouden warden benoemd. *  De goederen van de kommanderij Gemert zouden voor de duur van de arbitrage worden beheerd door de landkommandeur van Oudenbiezen. Het bestuur over Gemert bleef in handen van de Staten-Generaal. *  De Duitse keizer ging hiermede akkoord. *  Kortom, door middel van arbitrage werd de zaak Gemert tenslotte op dezelfde, klassieke wijze opgelost als waarop men in de middeleeuwen bilaterale kwesties pleegde af te handelen.

Bij brief van 4 maart 1649 had alreeds de Grootmeester van de Duitse Orde aan de Staten-Generaal gevraagd de kwestie Gemert voor te leggen aan de Chambre Mi-Partie. *  Met een schrijven d.d. 3 maart 1655 verklaarde de Grootmeester ermee akkoord te gaan, dat bij voorkeur uit de Chambre Mi-Partie arbiters zouden worden benoemd. *  Ook is er een inventaris van stukken bewaard gebleven, die door de advocaten Pieter Vlieck en Peter de Bije aan de Chambre Mi-Partie in 1658 werden overgeleverd. * 

De arbiters uit de Chambre Mi-Partie hebben het niet tot een eindoordeel gebracht, maar de arbitragepogingen hebben wel de basis gelegd voor een eindverdrag, dat in 1662 tot stand kwam. *  Bij dit eindverdrag werd de soevereiniteit van de Duitse orde over Gemert erkend. Het verdrag bepaalde, dat men in vervolg van de schepenbank van Gemert in beroep kon blijven gaan bij de schepenbank te 's-Hertogenbosch en vandaar bij de Raad van Brabant te 's-Gravehage. Ook zou het Bossche recht van ingebod te Gemert blijven gelden. *  De protestantse godsdienst moest er vrij kunnen worden uitgeoefend. De Duitse orde moest daarvoor een kerk of kapel aanwijzen, alsmede een woning voor de predikant verzorgen. Het een en ander op haar kosten. De Duitse orde zou echter wel het patronaatsrecht krijgen van de protestantse kerk. Daartegenover kwamen de kosten van het onderhoud van de kerk en de predikant voor rekening van de Staten-Generaal. Kloosters werden in Gemert verboden. Tenslotte werd bepaald, dat de Duitse orde een bedrag van 40.000 gulden moest betalen aan de republiek.

Dit akkoord werd in 1667 bekrachtigd door de keizer en de keurvorsten van het Duitse Rijk. *  Aan de heerschappij van de Duitse orde te Gemert kwam in 1795 een einde, toen de Franse legers het zuiden van ons land bezetten. Het decreet d.d. II prairéal an III (= 31 mei 1795) van de representanten in missie bij de Franse legers is waarschijnlijk ook van toepassing geweest op de goederen van de kommanderij Gemert. Hierin werd bepaald, dat een directeur en een ontvanger-generaal de rekeningen van de diverse rekenplichtige ambtenaren zouden afhoren, vorderingen zouden innen etc. De uitvoering van dit besluit was in handen van de burger Daverdoing. Deze is ook betrokken geweest bij de afwikkeling van zaken in Gemert. *  Hieruit kan worden afgeleid, dat dit decreet ook voor Gemert heeft gegolden.

Het zou een apart onderzoek vergen om de ontwikkeling van het bestuur in Gemert in de jaren 1795 - 1800 te beschrijven, hetwelk het kader van deze inleiding te buiten zou gaan. Aan te nemen is, dat de oude, in 1795 bestaande bestuurscolleges hun werk hebben voortgezet. In 1798 zien we een agent municipal van de gemeente Gemert optreden. *  Ook heeft de oude schepenbank haar werkzaamheden tussen 1795 en 1798 voortgezet. *  In 1798 werd Gemert met Boxmeer het 40e kanton van het departement van de Roer (hoofdplaats Aken). Als zodanig ressorteerde het onder de correctionele rechtbank te Kleef en de criminele rechtbank te Keulen. Te Gemert zelf resideerde een vrederechter.

Op grond waarvan werd Gemert door de Fransen als eigendom beschouwd? In een nota van 6 nivase an VI (= 26 december 1797) gaf Noël, ambassadeur van Frankrijk bij de Bataafse Republiek, te kennen, dat de Duitse orde meegedaan had aan de alliantie van Duitse vorsten, die zich gekeerd had tegen het revolutionaire Frankrijk. Bovendien werd de landkommandeur van Oudenbiezen, baron Van Reischach, als émigré beschouwd, waardoor al diens bezittingen in het door Frankrijk gecontroleerde gebied in beslag genomen konden worden. Op 5 januari 1800 werd Gemert door de Fransen overgedragen aan de Bataafse Republiek. De bestuursmacht kwam toen in handen van de met superintendentie over de aan de Bataafse Republiek gecedeerde landen belaste staatsbewindcommissarissen. Het beheer over de goederen van de kommanderij kwam in handen van de Commissie van administratie van alle goederen en domeinen, die door de Fransen aan de Bataafse Republiek bij transactie van 5 januari 1800 afgestaan, residerende te Breda, kortweg "Commissie van Breda" genoemd. De schepenbank werd weer met de rechtspraak belast. *  Appèl kwam er bij het Hof van Justitie voor Bataafs Brabant (tot 1802) en haar opvolgster, het departementaal gerechtshof van Brabant te Breda.

In 1805 beëindigden de met superintendentie over de aan de Bataafse Republiek gecedeerde landen belaste staatsbewindcommissarissen hun werkzaamheden en werd Gemert ingedeeld bij het departement Brabant van de Bataafse Republiek. In bestuurlijk opzicht deelde Gemert vanaf dat moment de lotgevallen van de rest van Brabant. Het werd dus evenals het overige Brabant bij tractaat van 16 maart 1810 bij Frankrijk ingelijfd, eerder dus dan het deel van het huidige Nederland boven de grote rivieren. Ook kwam Gemert niet te ressorteren onder het voor die gebieden ingestelde gouvernement-generaal. Het behoorde tot het Département des bouches du Rhin.

Ook wat betreft de rechtspraak veranderde er na 1805 niet veel. De schepenbank bleef haar taak vervullen, en wel zeker tot 14 juni 1811. *  Het departementaal gerechtshof van Brabant bleef eveneens in functie tot 1811. Daarna trad de Franse rechterlijke organisatie weer in werking.

Het beheer van de goederen van de kommanderij Gemert bleef na 1805 in handen van de Commissie van Breda, welke commissie aanbleef tot 1811. Na de inlijving kwamen de goederen in Franse handen. *  Na de Franse tijd werden ze domeinen van het Koninkrijk der Nederlanden.
De goederen van de landkommanderij Oudenbiezen hadden een ander lot. Zij werden als domeingoed verkocht. Het kasteel van Oudenbiezen met bijbehorende landerijen werd op 27 ventôse an V (= 17 maart 1797) te Maastricht te koop aangeboden. Deze goederen kwamen gedeeltelijk in handen van een zekere Willem Claes. Via uitloting op 31 maart 1822 op het stadhuis in Maastricht wist hij het kasteel met bijbehorende goederen te verwerven. Na zijn dood kwam dit komplex door vererving in bezit van Ulysse Maurice Claes, vervolgens aan zijn dochter Wilhelmina Valeria Duvivier-Claes, en haar dochter Malvina Roelants-Duvivier, die in 1926 overleed. Thans is het kasteel Oudenbiezen in het bezit van haar zoon Jhr. Roelants du Vivier.
Op 9 februari 1801 werd bij het verdrag van Lunéville de Duitse orde in de Nederlanden opgeheven. De balijen Koblenz en Oudenbiezen moesten hun goederen op de linker Rijnoever aan Frankrijk afstaan, *  voorzover dit althans nog niet gebeurd was. Napoleon decreteerde op 24 april 1809 te Regensburg, dat de Duitse orde in haar geheel was opgeheven.