Noord-Brabant is al sinds mensenheugenis overwegend rooms-katholiek. Doordat Sambeek ten tijde van de Republiek der Verenigde Nederlanden tot Staats-Brabant behoorde, was de katholieke eredienst formeel verboden. De katholieke goederen worden geconfisqueerd en de katholieke gelovigen wijken uit naar een schuurkerk aan de Grotestraat in de kom van Sambeek *  . De St. Janskerk wordt vanaf 1648 tot 1800 door de nederduyts gereformeerden gebruikt. In de nacht van 11 op 12 maart 1702 voltrok zich een ramp. Als gevolg van een blikseminslag is "deze thoren mette kerck geheel afgebrandt" zoals in het parochie-archief wordt vermeldt *  . In 1738 wordt de toren hersteld. Onder aan de voet van de toren konden de nederduyts gereformeerden voortaan hun eredienst houden. De ruïne van het overige gedeelte van de kerk bleef in die erbarmelijke staat tot bijna halverwege de 19e eeuw. De kerkenraad van de nederduyts gereformeerden doet in 1800 -op last van hogerhand- afstand van de toren met de overblijfselen van de kerk ten gunste van de katholieken. Pas als pastoor Bonants -die vanaf 1827-1879 pastoor van Sambeek is- de scepter zwaait over de parochie, wordt het kerkgebouw in 1840 provisorisch hersteld. In datzelfde jaar had de burgerlijke gemeente de toren aan de parochie geschonken *  . Het zou echter nog tot 1879 duren voordat de parochiekerk grondig wordt opgeknapt. In dat jaar geeft de nieuwe pastoor opdracht aan de bekende architect P. Cuijpers voor een algehele restauratie van de kerk *  .

Na hun teruggave van de kerk aan de katholieken in1800 tot aan 1843 hebben de gereformeerden hun protestantse eredienst in een woning, genaamd het Steenhuys en toebehorend aan Jan Hubert Schirmer, gehouden. In 1843 wordt er een nieuwe hervormde kerk gebouwd, gelegen aan de oostzijde van de Grotestraat, ter hoogte van de hoofdingang van het klooster van de zusters Redemptoristinnen.

De Sambeekse Hoek behoorde kerkelijk gezien tot de parochie van St. Anthonis. De inwoners gingen al van oudsher daar ter kerke.

Vanaf 17 juli 1879 was Vortum, dat kerkelijk al bij Sambeek behoorde, met Mullem verenigd in een zelfstandige parochie en verkreeg het een eigen parochiekerk.