Cuypers woonde aanvankelijk te Ginneken bij Breda, waar hij later in het kerkdorp Ulvenhout het nog bestaande Anneville liet bouwen. Hij woonde echter meestal te Brussel en was daar vaste bezoeker van het Algemeen Rijksarchief. Onafhankelijk door zijn goede financiële positie, was hij in staat al zijn tijd te besteden aan de geschiedenisstudie. Met waarschijnlijk de bedoeling een standaardwerk over de geschiedenis van Brabant te schrijven en wel hoofdzakelijk de geschiedenis van Noord-Brabant, had hij in de loop der jaren een groot aantal archivalia en afschriften van archivalia bij elkaar weten te brengen. Tot zo'n werk is het echter niet gekomen; wel zijn er enkele geschriften van zijn hand verschenen, hoofdzakelijk over munten en penningen, o.a. 'Notice historique sur les monnaies obsidionales frappees a Breda pendant le siège de 1577, Brussel 1849'.
Voor zijn 'Documents pour servir à l'histoire des troubles religieux du XVIme siècle dans le Brabant septentrional (1566-1570); Bois-leDuc, I, Brussel 1858' verleende het gemeentebestuur van 's-Hertogenbosch hem op 29 oktober 1858 de zilveren stedelijke medaille. * Door zijn goede relaties, met name met Bakhuizen van den Brink, welke hij financiële bijstand verleende en door wie hij op zijn beurt geholpen werd met navorsingen op geschiedkundig gebied, * wist hij toegang te krijgen tot de archieven in Nederland en België.
W.J.F. Juten, De familie Cuypers, in: Taxandria V (1898), p. 112-122.
F.F.X. Cerutti en F.A. Brekelmans, De Bakhuizen-correspondentie van Prosper Cuypers van Velthoven, in: Nederlands Archievenblad, 79 (1975), p. 1-21.