Tijdens de Republiek ressorteerden rechtspraak en gevangeniswezen onder gewestelijke of locale overheden. Pas na de inlijving bij Frankrijk kwam er door invoering van het Franse Wetboek van Strafrecht (Code Pénal) en het Wetboek van Strafvordering (Code d'Instruction Criminelle) eenheid van recht. Op 1 maart 1811 werd in de Hollandse departementen-Brabant was al in 1810 bij Frankrijk ingelijfd-het "Arrêté sur l'Organisation des Prisons" van 20 oktober 1810 van kracht, tegelijk met de Franse wetgeving. Dientengevolge werd het gevangeniswezen gecentraliseerd en werd het beheer van de gevangenissen een rijkstaak. Het "Arrêté" bepaalde dat er vijf soorten gevangenissen moesten komen. De indeling hiervan hing nauw samen zowel met de Franse rechterlijke organisatie van hoven van assisen, rechtbanken van eerste aanleg en vredegerechten, als met de verdeling van strafbare feiten in drie categorieën van de Code Pénal, te weten de "crimes" (misdrijven), de "délits" (wanbedrijven) en de "contraventions" (overtredingen). Men onderscheidde de volgende gevangenissen:

- Maisons de police municipale (Huizen van Politie). Deze waren gevestigd in ieder kanton en bestemd voor het opnemen van personen die door de politiegerechten wegens overtredingen tot een gevangenisstraf van maximaal vijf dagen waren veroordeeld, van voor verhoor in verzekering gestelden en van gedetineerden, die op transport waren naar een andere inrichting (passanten).
- Maisons d'arrêt (Huizen van Arrest). Deze waren gevestigd in ieder arrondissement en bestemd voor het opnemen van personen die van wanbedrijven of misdrijven verdacht werden en die in afwachting van berechting door een rechtbank van eerste aanleg of een hof van assisen, in verzekerde bewaring waren gesteld.
- Maisons de justice (Huizen van Justitie). Deze waren gevestigd in ieder departement en bestemd voor het opnemen van personen die door een hof van assisen waren veroordeeld.
- Maisons de correction (Huizen van Correctie). Deze waren gevestigd (één of meer) in ieder departement en bestemd voor het opnemen van personen die door een rechtbank van eerste aanleg tot een gevangenisstraf van maximaal één jaar waren veroordeeld, van gegijzelden wegens schulden, van personen opgesloten op last van de "police administrative", van kinderen opgesloten op verzoek van hun familie, en van prostituées.
- Maisons de détention (Tuchthuizen). Deze waren gevestigd op nader te bepalen plaatsen en bestemd voor het opnemen van personen, die door rechtbanken van eerste aanleg tot een gevangenisstraf van minimaal één jaar, of door hoven van assisen waren veroordeeld.

De administratie en het beheer over deze inrichtingen was vanaf 1810 aan de prefecten van de departementen toevertrouwd, die het toezicht aan de onderprefecten opdroegen. Samen vormden zij de bestuurslaag tussen de minister van binnenlandse zaken en de gemeentebesturen. Een op voorstel van de prefect door de overheid aan te stellen plaatselijk college (Conseil gratuit et charitable des Prisons) was belast met de dagelijkse inspectie. De burgemeester van de standplaats was ambtshalve voorzitter van deze uit vijf leden bestaande conseil, waarvan de procureur des keizers ook deel uitmaakte. De conseils waren belast met de dagelijkse inspectie. Na het vertrek van de Fransen en het herstel van de onafhankelijkheid bleef de Code Pénal van kracht. Dit zou tot 1886 duren.

In 1814 werd de "Provisionele Instructie voor de Colleges van Regenten over de Gevangenissen" uitgebracht. *  De voormalige conseils, inmiddels commissies van weldadigheid (voorheen raden van liefdadigheid geheten), werden door colleges van regenten van zeven personen vervangen. Ook nu weer zat de burgemeester van de standplaats dit college voor, terwijl de officier van justitie van de rechtbank van eerste aanleg er ambtshalve lid van was. De colleges vergaderden minstens één keer per maand en benoemden uit hun midden een secretaris en een tresaurier, van wie de laatste een honorarium ontving. De leden werden op voordracht van de voorzitter benoemd door de minister waaronder het gevangeniswezen op dat moment ressorteerde. De colleges oefenden het dagelijks bestuur uit.

In de Franse tijd benoemden de prefecten de cipiers, die met het daadwerkelijk bestuur van de strafinstellingen werden belast. Vanaf 1815 benoemden gedeputeerde staten hen op voordracht van de colleges van regenten. Dit veranderde in november 1821 toen de organisatie van het gevangeniswezen op een nieuwe leest werd geschoeid. *  Sindsdien heette het gestichthoofd van de strafgevangenissen commandant en van de andere instellingen cipier. Later kwam de benaming "directeur" voor alle instellingen gezamenlijk steeds meer in zwang.

Deze reorganisatie uit 1821 legde naast de invoering van uniforme regels ten aanzien van voeding, kleding, verzorging en andere huishoudelijke zaken, grote nadruk op de productieve arbeid van de gevangenen, om zo de kosten te drukken. In de hierboven genoemde indeling der gevangenissen veranderde er weinig. Nieuw was wel de bepaling dat naast burgers voortaan ook militairen in de gevangenissen konden worden ondergebracht. Er kwamen strafinrichtingen voor langgestraften enerzijds, en voor onveroordeelden en kortgestraften anderzijds.