Prosper Cuypers huwde te Eindhoven op 30 augustus 1830 met Anna Maria Carolina van Velthoven, wier naam hij later aan de zijne toevoegde. Uit dit huwelijk werden zeven kinderen geboren. Hij overleed te Brussel op 5 december 1882 en werd te Etterbeek begraven.
Een vaste functie heeft Cuypers nooit vervuld. Hij is slechts een korte periode werkzaam geweest als belastingambtenaar. Bij K.B. van 26 december 1826 was hij benoemd tot surnumerair bij de direkte belastingen in de provincie Noord-Brabant. In 1831 nam hij de kantoren van Valkenswaard en Bergeyk waar. * Wel was hij lid van talloze binnen- en buitenlandse verenigingen op oudheidkundig gebied o.a. in België, Duitsland, Denemarken en Frankrijk. *
Ook op maatschappelijk gebied was Cuypers actief. Hij was stichter en geruime tijd ondervoorzitter van de Nederlandsche Vereeniging van Weldadigheid te Brussel. *
Onafhankelijk door zijn goede financiële positie, was hij in staat al zijn tijd te besteden aan de geschiedenisstudie. Met waarschijnlijk de bedoeling een standaardwerk over de geschiedenis van Brabant te schrijven en wel hoofdzakelijk de geschiedenis van Noord-Brabant, had hij in de loop der jaren een groot aantal archivalia en afschriften van archivalia bij elkaar weten te brengen. Tot zo'n werk is het echter niet gekomen; wel zijn er enkele geschriften van zijn hand verschenen, hoofdzakelijk over munten en penningen, o.a. 'Notice historique sur les monnaies obsidionales frappees a Breda pendant le siège de 1577, Brussel 1849'.
Voor zijn 'Documents pour servir à l'histoire des troubles religieux du XVIme siècle dans le Brabant septentrional (1566-1570); Bois-leDuc, I, Brussel 1858' verleende het gemeentebestuur van 's-Hertogenbosch hem op 29 oktober 1858 de zilveren stedelijke medaille. * Door zijn goede relaties, met name met Bakhuizen van den Brink, welke hij financiële bijstand verleende en door wie hij op zijn beurt geholpen werd met navorsingen op geschiedkundig gebied, * wist hij toegang te krijgen tot de archieven in Nederland en België.
Opgedrukte zegels door Cuypers van Velthoven uitgeknipt en op papier geplakt. Folio 1: Graafschap Gelderland, 1607 / Rotterdam, 1620 / Dordrecht, 1611 / Delft, 1616 / Gecommitteerde Raden Admiraliteit Rotterdam, belast met galeien voor misdadigers, 1634 / Hersfelt bij Turnhout, 1646 / Nijmegen, 1649
Folio 2: Boxtel, 1653 / Antwerpen, 1654 / Liempde, 1670 / Oirschot, 1662 / Tilburg, 1788 / Oirschot, 1792 / Utrecht
Folio 3: Jehan de Cobreville, 1581 / Johan de Roisin, 1581 / Emanuel de la Laing, 1581 / Florent de Berlaymont, 1581 / Nicolas baron de Pollviller, 1581 / Valentin de Pardieu, / Joachim comte de Manderscheid, 1581 / Claude de Berlaymont, 1581 / Bisschop Metsius van 's-Hertogenbosch, / Markies De Havre, 1589 / Emanuel de la Laing, 1581 / Frederic Vuytenham, 1589 / Jaques de Corbisier, 1589 / Valentin de Pardieu, 1586 / La Molle de Pardieu, 1589
Folio 4: Lamoral de Noircarmes, 1588 / 's-Hertogenbosch, 1588 / R. de Meleun, 1584 / Charles P. de Croy, 1589 / Jacob van Brecht, 1574 / De Steeland, 1586
Folio 5. Vogelsanck, 1576 / Bernard Ven(?u)sels, 1576 / Simon van de Werve, 1576 / Andrea Cicogna, 1576 / Anthoine de Marbais, 1581 / Claude de Berlaijmont, 1581 / Halle, België, 1581 / Philips de Croij, 1581 / Vasseur, 1581 / Anne de Renesse, 1581 / Mattheus à Logan et Altendorf, 1580 / De Haynin, 1581 / Marten Schenck van Nyedeggen, 1581 / Jacques d'Anneux, 1581 / Dungnyes, 1581 / Marten Schenck van Nyedeggen, 1581 / Emanuel de la Laing, 1581
Folio 6. Tsestich / Engelbert Verreyken / Martin van den Berghe / Marcq de Steelant / d'Estournel, 1573 / Simon van de Werve, 1576 / Quaderebbe / Maximiliaan graaf de Boussu, 1569 / Viglius / Jacques Tseraets, 1572 / Simon van de Werve, 1576 / Giulio Cesare / Worcum, 1576 / A. d'Estourmel, 1576 / Gillis de Berlaimont, 1576 / Corneille de Halmale, 1576
Opgedrukte zegels door Cuypers van Velthoven uitgeknipt en op papier geplakt. Folio 1: Graafschap Gelderland, 1607 / Rotterdam, 1620 / Dordrecht, 1611 / Delft, 1616 / Gecommitteerde Raden Admiraliteit Rotterdam, belast met galeien voor misdadigers, 1634 / Hersfelt bij Turnhout, 1646 / Nijmegen, 1649
Folio 2: Boxtel, 1653 / Antwerpen, 1654 / Liempde, 1670 / Oirschot, 1662 / Tilburg, 1788 / Oirschot, 1792 / Utrecht
Folio 3: Jehan de Cobreville, 1581 / Johan de Roisin, 1581 / Emanuel de la Laing, 1581 / Florent de Berlaymont, 1581 / Nicolas baron de Pollviller, 1581 / Valentin de Pardieu, / Joachim comte de Manderscheid, 1581 / Claude de Berlaymont, 1581 / Bisschop Metsius van 's-Hertogenbosch, / Markies De Havre, 1589 / Emanuel de la Laing, 1581 / Frederic Vuytenham, 1589 / Jaques de Corbisier, 1589 / Valentin de Pardieu, 1586 / La Molle de Pardieu, 1589
Folio 4: Lamoral de Noircarmes, 1588 / 's-Hertogenbosch, 1588 / R. de Meleun, 1584 / Charles P. de Croy, 1589 / Jacob van Brecht, 1574 / De Steeland, 1586
Folio 5. Vogelsanck, 1576 / Bernard Ven(?u)sels, 1576 / Simon van de Werve, 1576 / Andrea Cicogna, 1576 / Anthoine de Marbais, 1581 / Claude de Berlaijmont, 1581 / Halle, België, 1581 / Philips de Croij, 1581 / Vasseur, 1581 / Anne de Renesse, 1581 / Mattheus à Logan et Altendorf, 1580 / De Haynin, 1581 / Marten Schenck van Nyedeggen, 1581 / Jacques d'Anneux, 1581 / Dungnyes, 1581 / Marten Schenck van Nyedeggen, 1581 / Emanuel de la Laing, 1581
Folio 6. Tsestich / Engelbert Verreyken / Martin van den Berghe / Marcq de Steelant / d'Estournel, 1573 / Simon van de Werve, 1576 / Quaderebbe / Maximiliaan graaf de Boussu, 1569 / Viglius / Jacques Tseraets, 1572 / Simon van de Werve, 1576 / Giulio Cesare / Worcum, 1576 / A. d'Estourmel, 1576 / Gillis de Berlaimont, 1576 / Corneille de Halmale, 1576