Prosper Cuypers huwde te Eindhoven op 30 augustus 1830 met Anna Maria Carolina van Velthoven, wier naam hij later aan de zijne toevoegde. Uit dit huwelijk werden zeven kinderen geboren. Hij overleed te Brussel op 5 december 1882 en werd te Etterbeek begraven.
Een vaste functie heeft Cuypers nooit vervuld. Hij is slechts een korte periode werkzaam geweest als belastingambtenaar. Bij K.B. van 26 december 1826 was hij benoemd tot surnumerair bij de direkte belastingen in de provincie Noord-Brabant. In 1831 nam hij de kantoren van Valkenswaard en Bergeyk waar. * Wel was hij lid van talloze binnen- en buitenlandse verenigingen op oudheidkundig gebied o.a. in België, Duitsland, Denemarken en Frankrijk. *
Ook op maatschappelijk gebied was Cuypers actief. Hij was stichter en geruime tijd ondervoorzitter van de Nederlandsche Vereeniging van Weldadigheid te Brussel. *
Onafhankelijk door zijn goede financiële positie, was hij in staat al zijn tijd te besteden aan de geschiedenisstudie. Met waarschijnlijk de bedoeling een standaardwerk over de geschiedenis van Brabant te schrijven en wel hoofdzakelijk de geschiedenis van Noord-Brabant, had hij in de loop der jaren een groot aantal archivalia en afschriften van archivalia bij elkaar weten te brengen. Tot zo'n werk is het echter niet gekomen; wel zijn er enkele geschriften van zijn hand verschenen, hoofdzakelijk over munten en penningen, o.a. 'Notice historique sur les monnaies obsidionales frappees a Breda pendant le siège de 1577, Brussel 1849'.
Voor zijn 'Documents pour servir à l'histoire des troubles religieux du XVIme siècle dans le Brabant septentrional (1566-1570); Bois-leDuc, I, Brussel 1858' verleende het gemeentebestuur van 's-Hertogenbosch hem op 29 oktober 1858 de zilveren stedelijke medaille. * Door zijn goede relaties, met name met Bakhuizen van den Brink, welke hij financiële bijstand verleende en door wie hij op zijn beurt geholpen werd met navorsingen op geschiedkundig gebied, * wist hij toegang te krijgen tot de archieven in Nederland en België.
Afbeeldingen Albertus van Oostenrijk (kopergravure 17e eeuw, uit: Baudartius Deinsius, Afbeeldinghe ende beschrijvinghe van alle veldslagen. Amsterdam 1615, p 658 en kopergravure 17e eeuw) / Ferdinand hertog van Alva(kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz, p 33) / Franciscus V., hertog van Anjou (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 377) / Carl T. vorst van Beieren (kopergravure van J.A. Zimmermann 18e eeuw) / Willem Bentinck (kopergravure J. Houbraken naar S. de Bois 18e eeuw) / Joseph Bergaigne, bisschop 's-Hertogenbosch (kopergravure 17e eeuw) / jan van Borssele (kopergravure J. Houbraken naar A. Schouman 18e eeuw) / Charlotte de Bourbon (kopergravure 17e eeuw, herdruk 19e eeuw) / Marcus Boxhornius (kopergravure 17e eeuw) / J.C.M. Breda van Kelckhoven (foto circa 1890) / Wolphard van Brederode (kopergravure 17e eeuw) / J.Th Cattie (foto circa 1905) / Cecilia, zangvereniging in Breda (foto 19e eeuw) / Wenceslaus Coeberger (kopergravure 17e eeuw) / Louise de Coligny, (kopergravure J. de Visscher naar G. Brandt 17e eeuw, kopergravure J. Houbraken naar A. Schouman 18e eeuw en kopergravure 17e eeuw, herdruk 19e eeuw) / Jos de la Court (foto 20e eeuw) / P.J.J.S.M. van der Does de Willebois (foto 20e eeuw) / Dumourier (kopergravure L.A. Claessens 19e eeuw) / Egmond en Hoorne (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 51) / Elisabeth, koningin van Engeland (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 461) / Ernest, aartshertog van Oostenrijk (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 627) / Ernst Casimir van Nassau (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 187) / Nicolaus Eschius (kopergravure I. Berterham 18e eeuw) / Alexander Farnese, hertog van Parma (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 317, kopergravure J. Punt 18e eeuw en kopergravure 18e eeuw)
Afbeeldingen Albertus van Oostenrijk (kopergravure 17e eeuw, uit: Baudartius Deinsius, Afbeeldinghe ende beschrijvinghe van alle veldslagen. Amsterdam 1615, p 658 en kopergravure 17e eeuw) / Ferdinand hertog van Alva(kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz, p 33) / Franciscus V., hertog van Anjou (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 377) / Carl T. vorst van Beieren (kopergravure van J.A. Zimmermann 18e eeuw) / Willem Bentinck (kopergravure J. Houbraken naar S. de Bois 18e eeuw) / Joseph Bergaigne, bisschop 's-Hertogenbosch (kopergravure 17e eeuw) / jan van Borssele (kopergravure J. Houbraken naar A. Schouman 18e eeuw) / Charlotte de Bourbon (kopergravure 17e eeuw, herdruk 19e eeuw) / Marcus Boxhornius (kopergravure 17e eeuw) / J.C.M. Breda van Kelckhoven (foto circa 1890) / Wolphard van Brederode (kopergravure 17e eeuw) / J.Th Cattie (foto circa 1905) / Cecilia, zangvereniging in Breda (foto 19e eeuw) / Wenceslaus Coeberger (kopergravure 17e eeuw) / Louise de Coligny, (kopergravure J. de Visscher naar G. Brandt 17e eeuw, kopergravure J. Houbraken naar A. Schouman 18e eeuw en kopergravure 17e eeuw, herdruk 19e eeuw) / Jos de la Court (foto 20e eeuw) / P.J.J.S.M. van der Does de Willebois (foto 20e eeuw) / Dumourier (kopergravure L.A. Claessens 19e eeuw) / Egmond en Hoorne (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 51) / Elisabeth, koningin van Engeland (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 461) / Ernest, aartshertog van Oostenrijk (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 627) / Ernst Casimir van Nassau (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 187) / Nicolaus Eschius (kopergravure I. Berterham 18e eeuw) / Alexander Farnese, hertog van Parma (kopergravure 17e eeuw, Baudartius enz p 317, kopergravure J. Punt 18e eeuw en kopergravure 18e eeuw)