Het eerste onderdeel van de inventaris van het archief van de abdij van Berne hebben we laten lopen tot de vestiging van de abdij in Heeswijk in 1857 waar het kloosterleven hervat kon worden. De nummering van de eerste afdeling is gebaseerd op de indeling van de archiefkast in het eerste kwart van de twintigste eeuw. Ieder kastdeel was genummerd met Romeinse cijfers. Ieder abbatiaat kreeg een hoofdletter. Nummer IA (nu vervallen) was gereserveerd voor kaarten en grotere delen. Met nummer IB begonnen de stukken van het eerste abbatiaat. Het eerste kastdeel herbergde de stukken tot IG. De volgende kastdeel, II, begon met het abbatiaat IIA. Het abbatiaat van Gerardus Neefs (1842-1859) is met nummer VIIF het laatste dat gehandhaafd is. Stukken uit periodes waarin de abdij geen abt had, zijn aangesloten bij het eraan voorafgaande abbatiaat.
Binnen de abbatiaten lagen de stukken aanvankelijk grofweg op chronologische volgorde, waarbij vooral de chronologie van de inhoud, niet van de datum van het stuk leidend was. Een vidimus is dus veelal te vinden onder de datum van het gevidimeerde stuk. Op den duur tekende zich een volgorde naar inhoud af (abt en abtskeuze, charters, overige stukken) maar hier is niet consequent de hand aan gehouden. In de jongere abbatiaten ontbrak een indeling. Daarin hebben we een ordening aangebracht naar persoonlijke stukken van de abt, algemene stukken, interne zaken van de abdij, relaties met de parochies, relaties met de orde, relaties met een andere geestelijke overheid en met de wereldlijke overheid; en ten slotte stukken van financiële aard: verwerving, beheer, financiële geschillen, belastingen, administratieve stukken.
De stukken die hoorden tot parochiearchieven (de abdij zag ze oorspronkelijk als abdijbezit wegens haar patronaatsrechten) heeft de abdij grotendeels in bewaring gegeven aan archiefbewaarplaatsen die de archieven van deze parochies beheren. Naar het Streekarchief Langstraat, Heuden en Altena zijn gegaan de stukken van de parochies Haarsteeg, Hedikhuizen, Vlijmen en Oudheusden; naar het Brabants Historisch Informatie Centrum die van Berlicum, Heeswijk en Lithoijen. Het parochiearchief van Bokhoven was lange tijd in de archiefruimte van de abdij bewaard. Inmiddels heeft het kerkbestuur van Bokhoven het in bewaring gegeven aan het Stadsarchief van ’s-Hertogenbosch.
De stukken van het Slotje zijn als een aparte rubriek aan de inventaris toegevoegd. De Vilvoordse stukken zijn bij de overige Vilvoordse collecties gevoegd. De stukken betreffende ’s-Hertogenbosch en Heusden zijn geplaatst bij de stukken zonder duidelijk verband met het archief.
Een aantal stukken die bij het abdijarchief horen is in het parochiearchief van Vlijmen terechtgekomen. Het kerkbestuur was van mening dat deze stukken die al zo lang deel uitmaakten van het parochiearchief, beter daarin konden blijven. Het Streekarchief Langstraat, Heusden en Altena, waar het parochiearchief bewaard wordt, heeft fotokopieën van deze afgedwaalde stukken aan de abdij verstrekt. Ze zijn begin 2011 aan het abdijarchief toegevoegd.