Dit departement, waarvan de prefect te 's-Hertogenbosch zetelde, was in door onderprefecten bestuurde arrondissementen Eindhoven, 's-Hertogenbosch en Nijmegen verdeeld. Het departement van de Monden van de Rijn bestond namelijk uit het oostelijke deel van het voormalige Hollandse departement Brabant, het nu bij de provincie Noord-Brabant behorende deel van het voormalige Hollandse departement Maasland en het ten zuiden van de Waal gelegen deel van Gelderland. Krachtens een keizerlijk decreet van 14 mei 1810 werd dit departement in gemeenten verdeeld, waarvan de grenzen enigszins verschilden van de voordien bestaan hebbende schepenbanksgebieden. *
Het westelijk deel van het voormalig Hollandse Brabant werd krachtens een keizerlijk decreet van 8 november 1810 bij het departement van de Twee Nethen gevoegd, waarvan de prefect te Antwerpen zetelde. Ten aanzien van de financiële administratie bleef dit arrondissement, dat eveneens in enigszins van de schepenbanksgebieden afwijkende gemeenten werd verdeeld, echter tot 31 december 1810 verenigd met het departement van de Monden van de Rijn.
Toen Nicolas Frémin de Beaumont, de prefect van het departement van de Monden van de Rijn, op 9 december 1813 had vernomen, dat boeren ten westen van 's-Hertogenbosch niet meer aan Franse troepen wilden leveren, verliet hij deze stad. * Hij nam toen een deel van het departementsarchief op drie karren mee naar Grave, waar hij de administratie van zijn departement voortzette, totdat hij op 5 januari 1814 met medeneming van voornoemd archiefdeel via Duitsland naar Frankrijk vertrok.
De onderprefect van het arrondissement Breda verliet dit arrondissement, toen generaal Decaen op 10 december 1813 de ontruiming van de stad Breda door het Franse garnizoen had geëist. Deze onderprefect moest echter op bevel van de prefect van het departement der Twee Nethen naar zijn arrondissement terugkeren. Het als tijdelijke standplaats aan deze onderprefect toegewezen Bergen op Zoom werd op 3 mei 1814 door de Fransen ontruimd krachtens het op de voorafgaande 23 april te Parijs gesloten vredesverdrag.