Er is een woongemeenschap ontstaan op de oevers van de beek de Aa. De aanwezigheid van dit riviertje en zijn zijlopen (Jekschotse loop, Biezenloop) heeft in het grootste gedeelte van de gemeente een stempel gedrukt op de ontwikkeling van het landschap.
Veghel is ontstaan in de vroege middeleeuwen. In 1225 wordt Veghel voor het eerst genoemd als Vehchele. De plaatsnaam gaat, wat het laatste deel betreft, vermoedelijk terug op lo, een oud woord voor bos. De betekenis van het eerste deel van de plaatsnaam is nog onduidelijk. Na een periode van (nagenoeg gehele) ontvolking vonden in de late zesde of zevende eeuw de eerste ontginningen plaats op vruchtbare bosgronden op de Boekt (tegenwoordig Scheifelaar) aan de oostkant van de Aa. Daar zijn aanwijzigingen gevonden voor een landgoed met horigen, ofwel een domein. De domeinheer sprak recht over zijn horigen. Er werd een kerkhof aangelegd op een oude grafheuvel en er stond ook de eerste kerk van Veghel.
Met de verkoop in 1231 van het graafschap Rode door de graaf van Gelre aan de hertog van Brabant kwam Veghel bij het hertogdom Brabant als onderdeel van de Meierij van 's-Hertogenbosch en het kwartier Peelland. Uit de Brabantse periode dateren veel gegevens over het dorp Veghel. De hertogen van Brabant hadden in Veghel verschillende leengoederen: de Baecxhoeve, Te Overacker, Overaa, Poederveldse Hoef, Havelt, Langvelt (op het Ham) en Eerde (eertijds onder Sint-Oedenrode). Jan II van Brabant gaf in 1303 Gerlacus van den Bosch vrijheid van bede en heerdienst voor zijn hoevenaren op het goed Ten Bogharde aan het Havelt. In 1367 stichtte Arnoldus Rover de Tafel van de H. Geest voor de armenzorg. In 1310 gaf Hertog Jan II van Brabant aan de parochianen van Veghel een oorkonde uit, waarin hij hen toestond de gemeentegronden te gebruiken en impliciet beloofde deze rechten te beschermen. Die gronden werden overigens al veel eerder gezamenlijk gebruikt. De grenzen van de gemeentegronden lagen deels al vast in 1299, toen de hertog van Brabant op de grens van Sint-Oedenrode, Schijndel en Veghel de Koeveringse molen liet bouwen.
In de tijd van de Republiek was Veghel een Statendorp, dwz viel onder het bestuur van de Staten-Generaal.
De hoge, middelbare en lage justitie van Veghel wordt samen met die van Erp op 4 mei 1559 als pandheerlijkheid uitgegeven aan Walraven van Erp en na 1645 voor de laatste keer gelost. In 1621 worden Erp en Veghel voor 18 jaar als pandheerlijkheid verkocht. In 1651 is Veghel weer Statendorp. Leden van de familie van Erp werden ook Erp van Middegaal genoemd, naar het gehucht Middegaal onder Veghel. Daar stond vanouds het huis Middegaal, dat in 1698 wordt omschreven als: "Eene schoone huysinge ofte casteeltje met neerhuysinge, schure, hoff, boomgaard, ackerland, hoy ende weylanden, malkanderen in eenen plack aangelegen, gelegen tot Vechel ter plaetse genaemt Middegael." Andere rechten, waaronder het Veghels tiendrecht, werd gedurende de vijftiende en zestiende eeuw bezeten door de aanzienlijke familie Heym, waarvan verschillende leden het ambt van hoofdschout van 's-Hertogenbosch bekleedden. In deze periode vinden we enkele geestelijke instellingen uit 's-Hertogenbosch als bezitters van goederen in Veghel, waaronder de Cruysbroederhoeve (Kruisbroeders) aan het Dorshout, de Monnicshoeve (Heylissem) of het goed Davelaar (Bossche Geefhuis) aan het Havelt. Eind 16e eeuw gaat het slecht met de Meierij. Tijdens de Gelderse Oorlogen plundert en brandschat de Gelderse hoofdman Maarten van Rossum de Meierij. In dat jaar gaat vanuit 's-Hertogenbosch het bevel aan de dorpen langs de Aa om de bruggen te slopen, zodat de vijandelijke troepen niet kunnen passeren. In hetzelfde jaar moet de Veghelse brug echter weer hersteld worden voor de doortocht van de eigen legers. In 1543 worden inwoners van het kwartier Oisterwijk opgeroepen om zich in het Peelland bij Veghel en Erp te verzamelen en daar de Gelderse invallers te weerstaan.
Sinds 1648 is Veghel onderdeel van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. Dit als gevolg van dat de Meierij van 's-Hertogenbosch en al haar toebehoren wordt toegewezen aan de Staten. In 1719 krijgt het dorp van de Staten Generaal het privilege om wekelijks op donderdag één botermarkt te houden en per jaar vier paarden- en beestenmarkten. In 1730 mag Veghel een boterwaag oprichten, waarbij in 1733 het privilege wordt verkregen, dat alle boter die in Veghel wordt verhandeld in de Veghelse boterwaag moet zijn gewogen. De katholieke eredienst wordt verboden en de oude Sint-Lambertuskerk aan de Aa wordt aan een handjevol protestantse ambtenaren toegewezen. De Veghelse bevolking bouwt daarop in het jaar 1649 een schuurkerk direct over de landsgrens met Uden, dat destijds niet tot Brabant behoorde, maar tot het vrije Land van Ravenstein. Die kerk werd tot aan de Franse inval van 1672 gebruikt door de Veghelse parochianen en in eerste instantie ook nog door parochianen uit Sint-Oedenrode en Schijndel. In 1672 werd de bouw van een nieuwe schuurkerk toegestaan op de plaats van de huidige Sint-Lambertuskerk te Veghel. De grond was afgestaan door de eigenaren van het kasteel Frisselstein. De nieuwe schuurkerk werd tot 1822 gebruikt.
In 1795, wanneer de Fransen binnenvallen, wordt de Meierij van 's-Hertogenbosch volwaardig onderdeel van het koninkrijk der Nederlanden. Sinds de tweede helft van de 19e eeuw ontwikkelt Veghel zich van een agrarisch dorp tot een industrieplaats als gevolg van de aanleg van de Zuid-Willemsvaart. De aanleg van een kanaal was al sinds eeuwen een belangrijk gespreksonderwerp voor de gemeenten in het Aa-dal. Wanneer koning Lodewijk Napoleon Veghel in 1809 bezoekt, vraagt het gemeentebestuur hem om het riviertje de Aa te mogen kanaliseren en toepasselijk Lodewijksvaart te mogen noemen. Er komt echter niets van terecht.