De plek die Ludolf voor zijn stichting had gekozen beviel echter niet. Hij schonk de kartuizers daarom een ander terrein, de Eikendonk, een zandbult tussen Den Dungen en Den Bosch, waar ze rond 1467 opnieuw probeerden een klooster te stichten. In die tijd kregen ze ook de vereiste toestemming van de landsoverheid. Hertog Karel de Stoute verleende hun in 1471 toestemming voor de kloosterstichting, wilde zijn naam als eerste stichter aan het klooster verbonden zien en gaf het een naam. Hij wilde dat het klooster genoemd werd naar de Heilige Sofia van Constantinopel, ter herinnering aan de val van Constantinopel in 1453 en de omvorming van de Haya Sophia tot een moskee. In de orde heette het klooster (kartuizers spreken meestal van huis) Sophiae domus of domus (Sanctae) Sophiae.
In Vught ontwikkelde het klooster zich voorspoedig. Na brandschatting door de Gelderse legeraanvoerder Maarten van Rossem in 1543 was het vooral de Beeldenstorm die in 1566 het leven in Domus Sophiae danig veranderde. Ten gevolge van de vernielingen moesten ze hun klooster verlaten. De meeste kloosterlingen vonden onderdak in andere huizen van de orde, een paar gingen in Den Bosch wonen om de wederopbouw van het toegetakelde klooster ter hand te nemen.
De godsdiensttwisten in de stad deden dit uitgedunde gezelschap rond 1572 besluiten in Boxtel te gaan wonen. In die omgeving hadden ze de kern van hun goederen liggen, afkomstig van Ludolf van den Water. Enkele jaren later, in 1579, besloot het stadsbestuur van Den Bosch het klooster in Vught in brand te steken uit vrees dat er vijandige troepen gelegerd zouden worden. Toen de kloosterlingen door krijgsgeweld in 1583 uit Boxtel verdreven werden, namen ze de wijk naar Esch, waar ze een jaar woonden, om zich vervolgens in Sint-Michielsgestel te vestigen. Daar vonden ze huisvesting op de kastelen Nieuw-Herlaar en de Ruwenberg. Wegens een nachtelijke overval beseften ze dat hun veiligheid daar niet gewaarborgd was, genoeg reden om zich in 1594 binnen de muren van Den Bosch te vestigen.
Om dit goed te kunnen voorbereiden en om niet de indruk te wekken uit de Meierij te willen verhuizen, trokken ze in 1623 uit de stad weg en gingen ze opnieuw in Boxtel wonen. In 1625 vertrok een delegatie naar het nieuwe klooster in Antwerpen dat mede vanuit het klooster in Lier werd bevolkt. Enkele kloosterlingen bleven in Boxtel achter om hun goederen te kunnen beheren. In 1629 viel Den Bosch in Staatse handen. De kartuizers woonden tot 1635 op het Boxtelse kasteel. Toen kregen ze onderdak in het kasteel van Tilburg, vanwaar ze in 1639 vertrokken naar de vrije heerlijkheid Bokhoven. De laatste kartuizers verhuisden vandaar in 1641 naar Antwerpen.
Veel van de kloostergoederen lagen in het gebied van de Verenigde Nederlanden. Wegens de verovering van Den Bosch in 1629 beschouwden de Staten-Generaal de bezittingen van de kloosters die in de Meierij gevestigd waren, als hun eigendom. De kartuizers beweerden dat ze al in 1625 naar Antwerpen vertrokken waren en dat ze daarom beschouwd moesten worden als een klooster in het buitenland. Buitenlandse kloosters mochten hun bezittingen in de Meierij behouden. In 1658 sloten het klooster en de Staten-Generaal eindelijk een overeenkomst waarbij de kartuizers de vrije eigendom van hun bezittingen werd gegarandeerd in ruil voor 58.000 gulden. In dat jaar en het jaar daarop verkochten ze al hun goederen in de Meierij. Hun andere goederen hadden ze al eerder van de hand gedaan.