Omdat het bewaarde bedrijfsarchief voor een belangrijk deel bestaat uit stukken die deel uitmaken van de boekhouding van de firma, worden enkele woorden gewijd aan het boekhoudkundige systeem dat door de achtereenvolgende firmanten werd gebruikt.

Kleinhandel
Boekhoudkundig werden de groot- en de kleinhandel van elkaar gescheiden gehouden. Goederen die door de klanten bij hun bezoek aan de winkel van Van Lanschot in 's-Hertogenbosch bij werden gekocht, werden veelal op krediet geleverd. Wanneer dat het geval was, werden de aankopen in het debiteurenboek, het zogeheten Klein schuldboek aangetekend met daarbij naam en woonplaats van de klant. Als de klant later betaalde werd door middel van een doorhaal aangegeven dat de schuld was ingelost. Openstaande posten uit het Klein schuldboek werden door Cornelis in een journaal, het zogeheten Groot kladboek overgeboekt. Hierin werden de per klant geleverde goederen gespecificeerd (met opgave van prijs en geleverde hoeveelheid). Deze boekhouding, die in 1737 door Cornelis van Lanschot werd opgezet, bleef in essentie ongewijzigd. Alleen Franciscus A.A. van Lanschot zag af van overboeking uit het Klein schuldboek naar het Groot kladboek. Hij gebruikte het Klein schuldboek als journaal en debiteurenboek voor de kleinhandel.

Groothandel

Bestellingen die contant werden betaald werden evenals leveranties en gros geboekt in het Groot kladboek, een journaal waarin de aankopen chronologisch werden opgetekend met specificatie van de geleverde goederen en de prijzen. Hierna volgde overboeking in het Groot schuldboek, een debiteurenboek voor de groothandel. Overgeboekte posten werden veelal voorzien van de aantekening 'visa'. In tegenstelling tot het Klein schuldboek vormen de linker- en rechterpagina van het Groot schuldboek één geheel als debet- en creditpagina voor de klant.
In het zogeheten Ontvangboek (een inkoop- en crediteurenboek van leveranciers) werden op de linkerpagina de inkopen van de firma geboekt, terwijl de rechterpagina werd gebruikt om de betaling aan de leverancier af te boeken met opgave van het tijdstip en wijze van betaling (veelal per wissel). Tot 1787 werden de aankopen van koloniale goederen bij de Kamers van de Verenigde Oost-Indische Compagnie en compagnieën in Denemarken en Zweden in het Ontvangboek, tussen de andere aankopen geboekt, na dat jaar in het Overzicht van de leveranties door de V.O. C. Na 1803 vinden we de aankoop van koloniale goederen in het Overzicht van de inkopen op veilingen vermeld.
Franciscus A.A. van Lanschot reserveerde voor iedere leverancier een pagina in het Ontvangboek waarop dan over een langere periode de aankopen werden geboekt. Hierdoor werd snel een overzicht verkregen in de rekening-courant verhouding met de leverancier.

Boekhouding van kassiers- en bankzaken

In het Groot schuldboek werden niet alleen de debiteurenrekeningen van de groothandel geregistreerd, maar ook de bankiers en kassiers genoteerd die optraden als incasseerders van vorderingen voor de firma Van Lanschot en de makelaars die de aankopen op de VOC-veilingen in de Hollandse havensteden verzorgden en betalingen verrichtten voor andere leveranciers van de firma Van Lanschot. Deze transacties hadden rechtstreeks te maken met de goederenhandel. Kort na 1800 werd het Groot schuldboek uitgebreid met rekeningen die niet langer betrekking hadden op debiteuren op het gebied van de groothandel. Dit ging ten koste van de overzichtelijkheid van de boekhouding. Daarom werd in 1814 overgegaan tot een nieuw type van boekhouding. Alle rekeningen die geen betrekking hadden op debiteuren op het gebied van de groothandel werden uit het Groot schuldboek verwijderd en in een nieuw boek, een rekening-courantboek, geplaatst. Hiermee kwam de boekhouding ten behoeve van de goederenhandel los te staan van de boekhouding voor het kassierbedrijf.